Loodus
Karula olulisteks kaitseväärtusteks on loodus- ja pärandmaastikud. Tüüpiline loodusmaastik, kus ulatuslikud metsad vahelduvad väikeste järvesilmade ja soodega, asub rahvuspargi lõunaosas ning Õdri järve ja Kaugjärve ümbruses. Karula loodusmaastikud pakuvad sobivat elupaika must-toonekurele. Siin asub Eesti kõige tihedamini asustatud must-toonekure populatsioon.
Must-toonekured eelistavad pesitseda vanades loodusmetsades. Sven Zacek
Pärandmaastikud
Pärandmaastikud, mis on kujunenud aastatuhandeid kestnud järjepideva inimtegevuse mõjul, paiknevad peamiselt kuplistikes - Jõeperäst Mähkli külani ja Rebäsemõisast Kolski külani.Rahvuspargis on üle saja talukoha, millest enam kui poooled on mitusada aastat vanad põlistalud. Karulale on iseloomulik hajaasustus, talud paiknevad üksikuna või paarikaupa küngaste vahel. Taluhooned on enamasti möödunud sajandi alguse tüüpilised palkehitised. Pärandmaastike ilme määrab maaharimiseks sobiva maa paigutus: enamasti on metsa kasvanud kuplite laed ja järsud nõlvad, mida ümbritseb ringikujuliselt põllumaa või niit. Kuplite vahelistes nõgudes paiknevad väikesed veesilmad, soometsad või märjad niidud. Pärandmaastike ulatus on viimase saja aasta jooksul vähenenud rohkem kui poole võrra - põhjusteks nii mehhaniseerimine, mistõttu jäid kasutusest välja ja metsistusid kuplite järsud nõlvad ja soised heinamaad, kui 1940-ndatel aastatel toimunud küüditamised.
Rukkirääk elab pärandniitudel. Arne Ader
Metsad
Metsad katavad ligikaudu 70% rahvuspargi pindalast, laiudes põliste massiividena kaitseala väheasustatud lõunaosas ja väiksemate laikudena põhjaosa kuplilisel maastikul. Üle 60 % rahvuspargi metsadest on sihtkaitsevööndites. Eriti väärtuslik on rahvuspargi lõunaosas asuv Kagu-Eesti suurim kaitstav metsamassiiv, mis hõlmab peaaegu poole rahvuspargi territooriumist. Tegemist on põlise metsamaaga, kuhu jääb ka Pautsjärve reservaat. Selles metsamassiivis on leidnud endale sobiva elupaiga suurulukitest põder, metskits, metssiga, ilves, hunt. Karu on siin eksikülaline. Künklik pinnamood põhjustab erinevaid valgus- ja niiskusolusid, seetõttu on rahvuspargi metsad mitmepalgelised. Metsatüüpidest on enim levinud palu- ja laanemetsad, neile lisanduvad erinevad soo- (siirdesoo-, raba, madalsoo-, lodumetsad), kõdusoo - ja salumetsad ning lubjarikkal moreenil kasvavad sürjametsad.
Palumetsad moodustavad üle kolmandiku metsadest, laiudes kruusa-liivastel väheviljakatel muldadel rahvuspargi lõuna- ja põhjaosas. Palumetsade elustik on suhteliselt liigivaene. Puurindes valitseb mänd, puhma-rohurindes pohl kõrvuti mustika ja kanarbikuga, samblarinne on pidev ja tihe. Karula rahvuspargi loodusväärtustest on palumetsadega tihedalt seotud metsis, must-toonekurg, kalakotkas, vaskuss. Vähese taimestikuga servaaladel võib näha kasvamas palu-karukella ning kohata kivisisalikku.
Muidu liigivaene palumets on hea mustika-, pohla- ja seenemets. Tuule Müürsepp
Rahvuspargi põhja- ja idaosa viljakamal pinnasel kasvavad laanemetsad, mis on valdavalt kujunenud endistele alepõldudele. Puurindes valitseb kuusk, alustaimestiku tunnusliikideks on rohttaimedest jänesekapsas, leseleht, laanelill. Laanemetsades elavad mujal Euroopas haruldaseks jäänud laanerähn ja kanakull. Puuliikudest kasvab Karulas kõige sagedamini harilik mänd, järgnevad kask, harilik kuusk ja hall lepp, vähem leidub harilikku haaba, sangleppa jt.
Järved ja väikeveekogud
Mandriliustik jättis endast maha lohkusid, millest kujunesid siinsed järved. Karula kõrgustikul on 60 järve, nendest 40 paiknevad rahvuspargis. Enamasti on järved õõtsikulise kaldaga, liivarandu leidub vähe. Rahvusparki jääb suur osa Eesti erinevatest järvetüüpidest: rohke- ja vähetoitelisi, pruuniveelisi ning heledaveelisi järvi, neist enamus on ökoloogiliselt heas seisundis. Suurim järv on sopilise kaldajoonega kaunis Ähijärv (176 ha), sügavaim aga selgeveeline Savijärv (18 m). Liigirikkusega paistab silma Ubajärv, kus on kasvamas leitud ka haruldast muda-lahnarohtu. Karula veekogudest võib leida pea kõiki Eestis esinevaid mageveekalu. Sagedasemad asukad on ahven, särg, haug, koger ja linask. Kaitstavatest kalaliikidest on elukoha rahvuspargi järvedes leidnud hink ja vingerjas. Paljudes kohtades on märgatavad kopra elutegevuse jäljed – järved on kõrgenenud veetasemega ja metsad üle ujutatud. Ohustatud imetajatest võib järvedes kohata saarmast. Kalarikkad järved on olulised toitumisalad kalakotkale.
Mudakonnale meeldivad väikesed madalad veekogud. Siim Veski
Karulale on omased küngastevahelised väikeveekogud, mida koha peal kutsutakse lontsikuteks, landudeks või lumpideks. Need madalad kaladeta veesilmad on olulised elu- ja kudemispaigad kahepaiksetele ja putukatele. Mudakonn vajab madalat veekogu kudemiseks ja kulleste arenguks. Harivesilik eelistab vähemalt osaliselt päikesepaistel asuvat kaladeta veekogu, kus leidub kudu kinnitamiseks madalakasvulisi veetaimi. Väikeveekogud sobivad ka kaitsealuse suur-rabakiili vastsetele.
Sood
Sood võtavad enda alla ligi 10 % rahvuspargi pindalast. Kõige suurem on kõrgustiku servaala nõos asuv 219 ha suurune Äestamise soo. Tähelepanuväärsed on ka rahvuspargi lõunaosa sandurtasandikel asuvad Apja, Pikäsilla, Kuusistsaarõ ja Aruküla Suursoo. Enamik Karula soid on künklikust reljeefist tulenevalt väikese pindalaga. Võrreldes ülejäänud Eestiga on Karulas rohkelt õõtsiksoid, mis on tekkinud järvede kinnikasvamisel. Suurepinnaliste kuplite järskudel nõlvadel esineb ka allikasoid. Lisaks tavalistele sootaimedele nagu sookail, hanevits, jõhvikas jt kasvab soodes ka mitmeid käpalisi. Esindatud on soovalk, harilik sookäpp, soo-neiuvaip, soohiilakas jt.
Äestamise soo. Tuule Müürsepp
Niidud
Karula niitudest on enamik (~75%) mineraalpinnasel asuvad aruniidud, liigniiskel pinnasel asub niitudest neljandik. Ajalooliselt on Karula niidud olnud niisked soostunud ja sooniidud, mis tänapäeval on maastikest kadumas. Kaasaegsed rohumaad kujunesid ajaloolistele aastakümneid harimata jäänud põlispõldudele. Seal on kujunemas aruniitudele omane taimkate. Kunagised kuivad paluniidud on säilinud vaid fragmentidena, olles siiski oluliseks kasvukohaks haruldastele harulisele ja kummeli võtmeheinadele. Eostega paljunevad võtmeheinad kuuluvad sõnajalgtaimede hulka, neid ohustab eelkõige kasvukoha võsastumine. Niidud pakuvad elupaiku pärandmaastikega seotud elustikule: päevaliblikatele, kimalastele, mesilastele, mardikatele jt. Lindudest sõltuvad põldlõoke ja rukkirääk just avamaastikest. Toitumisalana on niidud olulised väike-konnakotkale.
Kahkjaspunane sõrmkäpp kasvab peamiselt märgadel niitudel. Tuule Müürsepp