Matsalu rahvuspargile on iseloomulikud lagedad rannaalad, kus inimene ja loodus on tasakaalukalt käsikäes toimetanud juba aastasadu. Tänu sellele võib siit leida tänaseks mujal Euroopas praktiliselt kadunud poollooduslikke kooslusi. Matsalus laiuvad Põhja-Euroopa suurim luhaala, Euroopa ulatuslikuimad rannaniidud, Eesti suurim roostikumassiiv ning Lääne-Eestile omased alvarid.
Rahvuspargi eelkäija, Matsalu Riiklik Looduskaitseala, loodi 1957. aastal pesitsevate, sulgivate ja läbirändavate lindude kaitseks. 1976. aastal kanti Matsalu rahvusvahelise tähtsusega märgalade ehk Ramsari nimekirja. Ramsari konventsioon tunnustab neid kaitsealasid, kus märgalad on säilitatud ning nende kasutamine on jätkusuutlik.
2004. aastal nimetati Matsalu looduskaitseala ümber Matsalu rahvuspargiks.
Lisaks lindudele, kaitseb Matsalu rahvuspark ka Lääne-Eestile iseloomulike poollooduslikke kooslusi (ranna- ja luhaniidud, loopealsed ja puisniidud, roostikumassiivid, väikesaared) ja Väinamere kultuuripärandit.
Matsalu rahvuspark on ainukesena Baltimaades pärjatud Euroopa Nõukogu Diplomiga, millega tunnustatakse Matsalu bioloogilist, geoloogilist ja maastikulist mitmekesisust. Matsalu rahvuspark on osa HELCOM-i Väinamere merekaitsealast. HELCOM ehk Helsinki komisjoni konventsioon on Läänemere piirkonna merekeskkonna kaitset tagav kokkulepe, mis sõlmiti 1995. aastal.
2015. aastal omistati Matsalu rahvuspargi piirkonnale säästva turismi sertifikaat, mida annab välja Euroopa Kaitsealade Liit (EUROPARC Federation). Piirkond koosneb Matsalu rahvusparki ümbritsetavest valdadest - Lääneranna vald, Haapsalu linn ja Lääne-Nigula vald.
