Alutaguse rahvuspark hõlmab valdavat osa Alutaguse madalikust. Piirkonna eripäraks on läbi aegade olnud hõredalt asustatud, suurte soodega loodusmaastikud. Rahvuspargi tuumiku moodustavad ulatuslikud soo- (54%) ja metsamaastikud (42%). Enamasti tasase pinnamoega alal loovad vaheldusrikkust järved, mõhnastikud ja oosistikud ning luitestikud. Läbi Alutaguse kulgevad paljude liikide, sh hundi, karu ja ilvese ränded Eesti ja Venemaa vahel.