Alutaguse rahvuspark hõlmab valdavat osa Alutaguse madalikust. Piirkonna eripäraks on läbi aegade olnud hõre inimasustus ja suured asustamata loodusmaastikud. Rahvuspargi tuumiku moodustavad ulatuslikud soo- (54%) ja metsamaastikud (42%). Üldiselt tasase pinnamoega alal loovad vaheldusrikkust  mõhnastikud ja oosistikud ning luitestikud.  Läbi Alutaguse kulgevad paljude liikide, sh hundi, karu ja ilvese ränded Eesti ja Venemaa vahel.