Alutaguse rahvuspark loodi Ida-Eesti tüüpiliste ja haruldaste soo-, metsa- ja rannikumaastike ning kultuuripärandi hoidmiseks, väärtustamiseks, uurimiseks ja tutvustamiseks. Valdavalt Alutaguse madalikul asuvad sidusad loodusmaastikud, haruldased ja ohustatud liigid ning väärtuslikud elupaigad moodustavad ainulaadse koosluse nii Euroopas kui ka Eestis. Alutaguse on ajalooliselt Eesti suurimate okasmetsade ja soode piirkond. Siin asub looduslik üleminekuala Euroopa ja Aasia vahel ning taigametsavööndi ja Euroopa segametsavööndi geograafiline piir. Piirkond on olnud läbi aegade hõredalt asustatud.
Eesti noorim rahvuspark loodi 2018. aastal eelkõige Virumaa suurte sookaitsealade baasil. Eestimaa Looduse Fond tegi ettepaneku liita kaitsealaga ka ümbritsevad väärtuslikud riigile kuuluvad metsaalad, et saaksime tulevikuski rääkida mitte ainult soodest, vaid ka põlistest Alutaguse laantest. Enamasti tasase pinnamoega alal loovad vaheldusrikkust järved, mõhnastikud ja oosistikud ning luitestikud. Läbi Alutaguse kulgevad paljude liikide, sh hundi, karu ja ilvese ränded Eesti ja Venemaa vahel.
Eestis esimese rahvuspargi loomisele mõeldi juba 1920. aastate alguses. Tartu Ülikooli juures asuva Eesti Looduseuurijate Seltsi juhtivad professorid Feodor Bucholtz ja Johannes Piiper külastasid Alutagusel Paasvere ümbruskonna loodusmaastikke ning olid nähtust suures vaimustuses. Selts esitas Vabariigi Valitsusele ettepaneku rahvusliku pargi asutamiseks, tagamaks Alutaguse põlismetsade ja soode kaitse. Ideed toetas ka botaanik ja Eesti looduskaitsesüsteemi üks rajajatest Gustav Vilbaste. Tookord lükati plaan peamiselt majanduslikel põhjustel kõrvale.
