Loodus

Soomaa rahvuspark on suhteliselt tasase pinnamoega kuid mitmekesiste elupaikadega ala. Kaitseala pindalast üle 80% moodustavad soised elupaigad.

Sood
Soomaa rahvuspargi sood hakkasid kujunema umbes 13 000 aastat tagasi pärast piirkonna vabanemist mandrijääst. Jää sulamise tulemusena laius Pärnu- ja Viljandimaa serval suur järv, mille taganedes jäid madalatesse nõgudesse mitu veekogu, millest tuhandete aastate jooksul on arenenud paksu turbalasundiga sood. Praeguseks on sood kujunenud raba ehk kõrgsoo arengujärku.
Rahvuspargi põhiosa moodustavad viis eriilmelist raba: Kuresoo, Öördi, Kikepera, Valgerada ja Riisa raba. Turba ladestumise tõttu on nende pind tõusnud kuni 6 meetrit ümbritsevast mineraalmaast kõrgemale.
Rabades pesitseb kaitsealune kaljukotkas (Aquila chrysaetos). Lisaks võib kohata sookurge (Grus grus), rüüta (Pluvialis apricaria), mudaneppi (Lymnocryptes minimus). Sügiseti on sooalad peatuspaigaks hanedele ja kurgedele, läbirändel võib veekogudes ja rabades märgata savikpütti (Podiceps auritus) ja tuuletallajat (Falco tinnunculus). Rabaservades ja -saartel on metsiste (Tetrao urogallus) mängupaiku ning kevadeti kostub rabast tetrede (Tetrao tetrix) kudrutamist. 

Soomaa suurim rabamassiiv on Kuresoo (11 000 ha). Raba lõunaosas asub teadaolevalt Eesti kõrgem ja järsem, ligikaudu kaheksa meetri kõrgune rabanõlv. Kikepera raba (6900 ha), mis asub pikas ja lauges nõos, on tekkinud järve soostumisel ja selles on palju laukaid, rabalehtreid ning märesid. Öördi raba (4910 ha) on tekkinud suure ja süvavaveelise järve kinnikasvamisel. Sealne turbalasund ulatub üheksa ja poole meetrini. Kunagisest suurest järvest annab aimu umbes nelja hektari suurune ja kolme-nelja meetri sügavune Soomaa ainus järv- Öördi järv. Valgeraba (2500 ha) on Soomaa rabadest vanim ja suurima turbatüsedusega (11 m). Soomaa väiksem Riisa raba (830 ha) on tekkinud mineraalmaa soostumisel.

Jõed
Rahvuspargi maastikku liigestavad viis jõge: Halliste, Kõpu, Lemmjõgi, Navesti ja Raudna jõgi.
Kui vihmavesi või lumesulamisvesi Sakala kõrgustikult alla valgub ei jõua Soomaa väikese languga jõed seda korraga ära kanda ning tasasel pinnal looklevad jõed väljuvad oma looduslikust sängist. Suurvett koos üleujutusega kutsutakse Soomaal "viiendaks aastaajaks". Suurvesi, mis võib esineda igal aastaajal kuid sagedamini kevadel, võib kesta mõnest päevast mõne nädalani. Jõgede alamjooksul võib kõrgvee maksimaalse veeseisu puhul üle ujutatud saada 17 500 ha suurune ala.
Poolveelistest imetajatest tegutsevad jõgedel koprad  (Castor fiber), saarmad (Lutra lutra) ja mink (Mustela vison). Jõgedest on leitud 17 liiki kalu, kellest tavalisemad on haug (Esox lucius), särg (Rutilus rutilus), viidikas (Alburnus alburnus) ja ahven (Perca fluviatilis).

Lamminiidud
Jõgede üleujutatavatel aladel laiuvad liigirikkad luha- ehk lamminiidud, mida on kokku ligi 1500 ha. Neid on traditsiooniliselt kasutatud heina- ja karjamaadena. Täna toimub heinategu umbes 700 hektaril.
Suuremad luhad on Tipu, Läti ja Tõramaa luht, Raudna jõel Kuusekäära luht ning Lemmjõe kaldal Mulgi heinamaa ja Oksa luht.
 

Selleks, et luhaheinamaad ei võsastuks, peab neid regulaarselt hooldama - niitma või karjatama loomi.
Üleujutused toovad luhtadele täiendavalt toitaineid ja seetõttu kasvab luhtadel lopsakas taimestik. Siin pakuvad silmailu siberi-võhumõõk (Iris sibirica), niidu-kuremõõk (Gladiolus imbricatus) ja mitmed käpalised (Orchidaceae).
Ammustest aegadest on Halliste jõe kallastele jäänud kasvama tammesalud, mis moodustavad maalilise Tõramaa puisniidu.

Metsad 
Metsad moodustavad Soomaa territooriumist ligi poole. Iseloomulikud on soometsad, rabade servaaladel laiuvad rabamännikud, vanad laanemetsad ning mitmekümnel hektaril jõgede lammidel kasvavad lammimetsad. Metsade enamlevinud puuliigid on mänd (Pinus sylvestris), kaseliigid (Betula) ja sanglepp (Alnus glutinosa). 
Elupaik on siinsetes metsades suurtele kiskjatel nagu ilves (Lynx lynx), hunt (Canis lupus) ja pruunkaru (Ursus arctos) ning meie põlisasukatel põdral (Alces alces) ja metskitsel (Capreolus capreolus). Lodu- ja laanemetsades pesitsevad näiteks must-toonekurg (Ciconia nigra), händkakk (Strix uralensis), karvasjalg-kakk (Aegolius funereus), musträhn (Dryocopus martius) ja laanerähn (Picoides tridactylus).
Lammimetsad on jõgede tulvametest perioodiliselt üleujutatavad metsad. Eestis haruldaseks muutunud lammimetsades kasvavad laialehelised puud: tamm (Quercus robur), pärn (Tilia cordata), saar (Fraxinus excelsior), künnapuu (Ulmus laevis)  ja jalakas (Ulmus glabra). Tüüpilisemad lammimetsad on Pääsma laas, Karuskose lammimets ja Lemmjõe keelemets. Metsaalune rohurinne on liigirikas - seal kasvab karulauk (Allium ursinum), lõokannus (Corydalis solida) ja püsik-seljarohi (Mercurialis perennis). Linnuharuldustest elavad seal valgeselg-kirjurähn (Dendrocopos leucotos) ja tamme-kirjurähn (Dendrocopos medius). Jõe lammidest kaugemal, kus üleujutusvesi püsib lühemat aega, laiuvad lodumetsad, kus metsaalune on niiske. Taimedest kasvavad kollane võhumõõk (Iris pseudacorus), lodukannike (Viola uliginosa), varsakabi (Caltha palustris) ja ussilill (Lysimachia thyrsiflora). Kuivematel mineraalpõndakutel kasvavad laanemetsad. Soomaa laanemetsadele on iseloomulikud vanad võimsad haavapuud (Populus tremula). Kaitseala kagunurgas kunagistel Balti jääpaisjärve rannaluidetel, ilmestavad maastikku aga kuivad ja valgusrohked nõmme- ja palumetsad, kus leidub kasvamas palu-karukella (Pulsatilla patens) ja kännas-kipslille (Gypsophila fastigiata).