Vastavalt kaitse-eeskirjale on Vilsandi rahvuspargi peamine eesmärk Lääne-Eesti rannikumaastiku ja -mere ning linnurikaste väikesaarte kaitse.

Rahvuspargi territoorium jaguneb:

• loodusreservaatideks (4, kogupindalaga 494,5 ha), kus tagatakse looduslike koosluste säilimine ja kujunemine üksnes looduslike protsesside tulemusena; 
• sihtkaitsevöönditeks (21, kogupindalaga 6895,1 ha), mis on jäetud looduslike protsesside meelevalda ja kus majandustegevust ei toimu;
• piiranguvöönditeks (6, kogupindalaga 41 205 ha), mis on leebemate piirangutega. 

Piirangud tegevusele tulenevad looduskaitseseadusest ja Vilsandi rahvuspargi kaitse-eeskirjast.

Tööde-tegevuste planeerimise aluseks on kaitseala kaitsekorralduslik dokument ‒ Vilsandi rahvuspargi kaitsekorralduskava.

Innarahu loodusreservaat. Foto: Kadri Paomees