В соответствии с предписаниями по охране главная цель Национального парка Вильсанди заключается в охране прибрежного ландшафта и моря, а также богатых птицами мелких островов Западной Эстонии.

Территория национального парка разделена на:

• природные резерваты (4, общей площадью 494,5  гектар), где обеспечивается сохранность и формирование природных сообществ исключительно в результате естественных процессов; 
• особо охраняемые зоны (21, общей площадью 6895,1 гектар), которые оставлены на волю естественных процессов, и где отсутствует хозяйственная деятельность;
• ограничительные зоны (6, общая площадь 41 205 гектар), где установлены более мягкие ограничения. 

Ограничения деятельности вытекают из Закона об охране природы и предписания по охране Национального парка Вилсанди.

Работы и деятельность планируются на основании программы по организации охраны Национального парка Вилсанди (EST).

Природный резерват Иннараху​. Фото: Кадри Паомеэс