Märja metsa seisund halveneb enamasti mitme ohuteguri ühendmõjul. Neist kõige suurema mõjuga on metsakuivendus ja -raie.
Kuivendus on Eestis ulatuslik: ligi kolmandik metsamaast on kuivendatud. Soometsi on Eestis alla 7% maismaapinnast, kuid kuivenduse tagajärjel tekkinud kõdusoometsi on 15%. Suur osa praegustest soometsadest on kuivendusest mõjutatud, seda ka kaitsealadel. Kuivenduse tagajärjel hakkab turvas lagunema, ajapikku muutuvad ala niiskusrežiim ja elupaiga omadused ning ala lakkab toimimast soona. Kuivendus muudab ka taimestikku. Niiskuse vähenemise tõttu kahaneb sootaimestiku katvus ja asemele tulevad kuivema ala taimed. Kuivenduse tagajärjel hakkavad puud kiiremini kasvama ja puistu tiheneb, sellest tingitud valguse vähenemise tõttu kaovad valgusnõudlikud sooliigid. Kahaneb ka looduslike veekogude hulk ja üleujutusi esineb harvem, mille tõttu kaovad nendega seotud elupaigad.
Suurel osal kaitsealadest on minevikus metsi ka raiega majandatud ning piiranguvööndis tehakse seda sageli praegugi. Siiski on teada, et uuendusraie ja järgnev metsauuendus muudavad enamasti puistu koosseisu ning struktuuri looduslikust erinevaks. Ka hooldusraie ühtlustab puistu struktuuri: alles jäetakse võimalikult ühesugused ja korrapärase asetusega puud. Raie vähendab ka surnud puidu kogust ja selle teket tulevikus.
Vahel on looduskaitseala elupaiga seisundi parandamiseks tarvis muuta majandamist hoopis kaitseala ümbruses. Eriti kuivenduse mõjud ulatuvad kaugele. Näiteks Soomes on hinnatud, et ka 80% kraavideta märgalasid on siiski kuivendusmõjudega.
Natura 2000 aladele jääva erametsamaa omanikel on võimalik taotleda Natura 2000 toetust erametsamaa kohta. Toetuse eesmärk on kaasa aidata Natura võrgustiku alal asuva erametsamaa säästvale kasutusele kompenseerides erametsaomanikele metsade majandamisel saamata jäänud tulu. Toetust võib taotleda metsaala kohta, mis on taotleja omandis ning metsaalana keskkonnaregistris (ja seega ka Natura 2000 erametsamaa toetuse kaardikihil, mis on kättesaadav Maa-ameti avalikust kaardirakendusest).
Projekti "Loodusrikas Eesti" abil koostatakse nii märgadele kui kuivadele metsadele tegevuskava. Loe lähemalt projekti veebilehelt.