Состояние влажных лесов ухудшается в основном в результате совокупного воздействия нескольких факторов опасности. Из них наибольшее влияние оказывают лесоосушение и вырубка леса.

Лесоосушение в Эстонии обширно: почти треть лесных угодий осушена. Болотные леса в Эстонии занимают менее 7% от поверхности суши, но вследствие лесоосушения появилось 15% сосняков (лесов на осушенных болотах). Большая часть нынешних болотных лесов подвержена осушению, в том числе в заповедниках. В результате осушения торф начинает разлагаться, со временем изменяется режим влажности территории и характеристики среды обитания, и территория перестает функционировать как болото. Осушение изменяет и флору. Вследствие уменьшения влажности растительный покров болот уменьшается и заменяется растительностью более сухой территории. В результате осушения деревья начинают расти быстрее, и древостой становится плотнее, что приводит к уменьшению освещенности и исчезновению требовательных к свету болотных видов. Уменьшается также количество естественных водоемов, и паводки происходят реже, из-за чего исчезают связанные с ними места обитания.

На значительной части заповедных территорий в прошлом также велись вырубки для лесозаготовки, и в зоне ограниченного доступа это часто происходит до сих пор. Однако известно, что лесовосстановительные рубки и последующее лесовозобновление обычно изменяют состав и структуру древостоя по сравнению с естественной. Рубка ухода также унифицирует структуру древостоя: деревья оставляют максимально одинаковые и расположенные равномерно. Кроме того, рубка уменьшает количество мертвых деревьев и их появление в будущем.

Иногда для улучшения состояния среды обитания в заповеднике необходимо изменить ведение хозяйства в его окрестностях. Особенно далеко идущее воздействие оказывает осушение. Например, согласно проведенным в Финляндии оценкам, 80% водно-болотных угодий, не имеющих канав, все еще испытывают влияние осушения.

Владельцы частных лесных угодий на территориях «Натура 2000» могут ходатайствовать о получении пособия «Натура 2000» на частные лесные угодья. Цель пособия — способствовать экологичному использованию частных лесных угодий, находящихся на территории сети «Натура», компенсируя владельцам частных лесов не полученный при ведении лесного хозяйства доход. О пособии можно ходатайствовать на лесные угодья, которые находятся в собственности ходатайствующего и внесены в регистр окружающей среды как лесные угодья (а следовательно, и в слой карты поддержки частных лесных угодий «Натура 2000», доступный в публичном картографическом приложении Земельного департамента).

В рамках проекта «Богатство природы Эстонии» будет составлен план действий как для влажных, так и для сухих лесов. Подробнее читайте на сайте проекта.