Endla looduskaitseala kalarikkamad järved on ühtlasi ka olulised lindude pesitsus- ja peatuskohad. Seetõttu on Endla järvel ja Sinijärvel (Endla järve ja Sinijärve sihtkaitsevööndis) ajaline liikumiskeeld 1. aprillist kuni 30. juunini. Muul ajal on seal kalastamine lubatud kalastuskaardi alusel. Teistel kaitseala järvedel on kalastamine lubatud tavapärase harrastuspüügiõiguse alusel, Männikjärvel liikumiseks on lisaks vaja Keskkonnaameti nõusolekut.
Kuigi Endla looduskaitseala on praeguseks praktiliselt inimtühi, on siin mitmeid kultuuriloolisi kohti. Kaitseala idaosas alustati esmakordselt Eestis soode teaduslikku uurimist juba 1910 a, kui Balti Sooparandus Selts ostis ära Tooma talu maad, mis jäid Männikjärve raba lähedusse. Asutatud Tooma Sookatsejaamas, mille nime hiljem korduvalt muudeti, tegeleti põllumajandusliku katse- ja uurimistegevusega kuni 1989. aastani.
Alam-Pedja looduskeskus on üle antud Kaitseliidule.
.JPG)
Alam-Pedja looduskeskus asub Kaitseliidu Kirna õppehoones. Foto: Piret Valge
Ekspositsiooniruum. Foto: Piret Valge