Alam-Pedja looduskaitseala moodustati 17.02.1994. Esimene Alam-Pedja kaitse-eeskiri võeti Vabariigi Valitsuse määrusega nr 92 vastu 03.03.1995. Dokument „Alam-Pedja looduskaitseala ja Karula rahvuspargi kaitse-eeskirjade ning Karula rahvuspargi välispiiri kirjelduse kinnitamine“ jõustus 22.03.1995.

Alam-Pedja loodusmaastikus on läbi aegade olnud oma koht ka inimesel. Piirkonnast on teada kaks keskmise kiviaja asulat: Siimusaare (kunagise Suur-Võrtsjärve läänekaldal) ja Haudemäe (põhjakaldal). Leitud kalapüügiriistade hulga järgi võib järeldada, et muistsete inimeste tähtsaks elatusallikaks oli kalapüük. Esimest korda on kirjalikes allikates mainitud Palupõhja küla 15. sajandil.

Võrtsjärve madalikul paiknev Alam-Pedja looduskaitseala on suurte soode ja põliste metsade, looklevate jõgede ja laiade luhtade piirkond.

Jääajajärgselt, 7 500‒10 000 aastat tagasi, lainetasid siin veel Suur-Võrtsjärve veed. Veepinna alanemisel maha jäänud jäänukjärved kasvasid aja jooksul kinni. Tänaseks on nendest kujunenud rabamassiivid: Põltsamaa, Laeva, Umbusi, Soosaare, Meleski ja Sangla raba.