Tartumaa vanimad asustusleiud, kiviaegsed asulakohad Emajõe ääres Agalis (vanim asulakoht Tartumaal) ja Kullamäel on praeguseks mattunud mitmemeetrise turbakihi alla.

Paljud endised talukohad soosaartel on kattunud eriilmelise metsaga, kus leidub ka vägevaid põlispuid, varasemad jõeäärsed luhaheinamaade siilud on pajusid ja leppi täis kasvanud, üle soode kulgenud taliteed kohati vaevu aimatavad. Säilinud on omapärane, vaid vettmööda ligipääsuga Praaga küla Emajõe suudmealal vahetult enne Peipsi järve.

Kavastust 3 km Peipsi poole vahetult Emajõe kaldal asub riiklik kultuurimälestis Uus-Kastre linnuse territoorium vallikraaviga, mis rajati 14. saj. lõpus Tartu piiskopilinnuse kaitseks. Uus-Kastre ehk Varbeki linnus tegutses vahelduva eduga kuni 1704. aasta Põhjasõja jõelahinguni. 18. saj. lõpus ehitati linnuse varemetest üles kõrts, mida kutsuti rahvasuus Kantsi kõrtsiks. See tegutses umbes 1920-ndateni, hiljem jäi hoone lagunema. 2001. aastal alustati kõrtsi varemetele Emajõe-Suursoo kaitseala keskuse rajamist. 2004. aasta sügisel valminud keskuse hoones tegutses kaitseala looduskeskusena 2019. aastani. Praegu on Emajõe-Suursoo keskus Luunja valla hallata, hoones toimuvad kultuuri ja loodushariduslikud tegevused.

Kantsi kõrtsi asemele ehitatud Emajõe-Suursoo keskus. Foto: Aimar Rakko

Emajõgi on Eestis ainus otsast lõpuni laevaga läbitav jõgi. Soised kaldad on teinud Emajõele sildade ehituse raskeks, seetõttu kasutati varasematel aegadel jõe ületamiseks parvesid. Parvekohad asusid näiteks Rannu-Jõesuus, Rekul, Tartu linnas, Haaslaval ja Kavastus. Kavastu parv rajati 1889. aastal ja see töötab siiani. Kaubaveoks on Emajõel ja Peipsil kasutatud lotjasid. Lodja ümar kere mahutas palju kaupa ja vajadusel ka laevapere. Enamik lotjadest hävis II maailmasõja keerises, mil neid kasutati heade dessantlaevadena. 2006. aastal valmis Tartus Emajõe Lodjaseltsi eestvedamisel vanade jooniste järgi uus lodi ‒ Jõmmu.

Lodi Jõmmu seilab Emajõel. Foto: Marko Soom