Самые старые обнаруженные в Тартумаа поселения появились в каменном веке возле реки Эмайыги в Агали и Кулламяэ. Сейчас они покрыты многометровым слоем торфа. Многие бывшие места хуторов на болотных островах заросли лесом, где можно найти мощные вековые деревья. Полоски прежних пойменных лугов заросли ивами и ольхой, проложенные по болоту зимники еле угадываются.  В устье Эмайыги сохранилась самобытная деревня Праага, в которую можно попасть только по воде.

В 3 километрах от Кавасту в сторону Чудского озера, на берегу реки Эмайыги, находится государственный памятник культуры - замок Уус-Кастре, который был построен в конце 14 века для защиты Тартуского епископского замка. Замок Уус-Кастре с переменным успехом был обитаем до битвы, которая произошла на реке в 1704 году. В конце 18 века развалины замка были перестроены в трактир. В 1920-е годы трактир был закрыт, и затем историческое здание было полностью заброшено и разрушалось до 2001 года, пока на развалинах корчмы не начали строить Центр заказника Эмайыэ-Суурсоо. В здании, возведение которого было завершено в 2004 году, до 2016 года рассказывали о водно-болотных угодьях, и проводились обучающие занятия, связанные с природой. В данный момент центр закрыт.

Фото: Аймар Ракко

Эмайыги является единственной рекой в Эстонии, которая судоходна по всей протяженности. Заболоченные берега затрудняют строительство мостов на Эмайыги. Поэтому раньше для пересечения реки использовались паромы.  Переправы находились, например, в Ранну-Йыэсуу, Реку, Тарту, Хааслава и Кавасту. Причем, построенная в 1889 году переправа Кавасту действует до сих пор.

Грузы по Эмайыги и Чудскому озеру перевозились на баржах, округлый корпус которых вмещал значительный объем грузов и при необходимости команду.  Большинство барж было разрушено во время Второй мировой войны, когда их использовали для десантирования войск. В 2006 году в Тарту по инициативе общества Emajõe Lodjaselts по старым чертежам была построена баржа Jõmmu.

Лоди Йымму плывёт на Эмайыги. Фото: Марко Сoом