Peipsi järves Suurjärve ja Lämmijärve piiril asuv Piirissaar, mille pindala on tänapäeval vaid 7,5 km2, oli ammustel aegadel tunduvalt suurem ja ka rahvarikkam. On teada, et 1796. aastal oli saare pindala 20,1 km2. Tänapäeval on Piirissaarel kolm küla: Piiri, Tooni ja Saare, kuid kaitseala koosseisu ei kuulu nende külade hoonestatud alad ning sadamaala. Saare loodeosas asus veel ka Porka küla, mis uhuti 1862. aasta suure tormiga minema.

Piirissaare jagab kaheks ebavõrdse suurusega osaks põhja-lõunasuunaline kanal, mille kaevamist alustasid Põhjasõja ajal rootslased oma laevade peitmiseks. Esimesel Eesti ajal kaevati kanal Tooni külani, kuhu rajati keset saart sadam. Nõukogude ajal töö jätkus ja kanal poolitas kogu saare. Kanalist lääne poole jääb küladeta madalsoo, mille pind on vaid 1‒2 meetrit kõrgemal Peipsi järve keskmisest tasemest. Saare idaosa on kõrgem, ulatudes ca 5 m üle Peipsi järve keskmise veeseisu. Kõik külad asuvad saare kõrgemas liivases kirdeosas. 
Erinevate kahepaiksete liigirikkus ja arvukus on peamiseks põhjuseks, miks Piirissaar kaitse alla võeti. Haruldaste mudakonna ja rohe-kärnkonna seisund sõltub traditsioonilise sibulakasvatuse käekäigust. Siinsed sibula- ja köögiviljapõllud on neile liikidele heaks maismaaelupaigaks, pakkudes toidulauda ja varjevõimalust.

Piirissaar. Foto: Jan Siimson

Piirissaare sibulapeenrad. Foto: Aimar Rakko