Kaitseala kaks kõige tähtsamat dokumenti on kaitse-eeskiri ja kaitsekorralduskava. Kaitse-eeskiri paneb paika kaitseala erinevad vööndid ning vööndites keelatud ja lubatud tegevused, kaitsekorralduskava on kaitseala rakenduslik tegevusplaan.

Alam-Pedja looduskaitseala valitseja on Keskkonnaamet. Majandustegevuste planeerimisel (sh ehitustegevus, metsamajandamine, rahvaürituste korraldamine) tuleb saada kooskõlastus Keskkonnaametilt. Loe lisaks Keskkonnaameti kodulehelt.