Nabala-Tuhala looduskaitseala kaitse-eesmärgiks on kaitsta allikaid, allikalisi alasid ja karstivorme, sealhulgas maa-aluseid jõgesid ja unikaalse Tuhala Nõiakaevuga karstipiirkonna veerežiimi, piirkonna soo- ja metsaökosüsteeme, elustiku mitmekesisust ning ohustatud ja kaitsealuseid liike, loodusdirektiivi I lisas nimetatud elupaigatüüpe ning II lisas nimetatud liike ja nende elupaiku, linnudirektiivi I lisas nimetud liike ja nende elupaiku.

Kaitseala jaguneb 6 sihtkaitsevööndiks, 2 piiranguvööndiks.

Looduskaitsealal toimuvad tegevused peavad lähtuma looduskaitseseadusest ja Nabala-Tuhala looduskaitseala kaitse-eeskirjast. Kehtiv Nabala-Tuhala looduskaitseala kaitse-eeskiri on leitav Riigi Teatajast. 

Kaitsealal toimuvate tööde-tegevuste planeerimise aluseks on rakenduslik tegevusplaan Nabala-Tuhala looduskaitseala kaitsekorralduskava 2023-2032