• Juba 1939. aastal võeti kaitse alla Käina lahe ravimuda, mis oma kvaliteedilt on Eesti parim.  1961. a võeti kohaliku tähtsusega ornitoloogilise keelualana kaitse alla Käina laht ja maastikulise keelualana Kassari saar tervikuna. Käina lahe ornitoloogilise keeluala baasil moodustati 1971. a Käina lahe riiklik linnustikukaitseala, mille koosseisu kuulus ka Reigi saar Jausa lahes. 1998. a liideti Käina lahe riikliku linnustikukaitsealaga Kassari maastikuline keeluala ja moodustati Käina lahe – Kassari maastikukaitseala.
• Käina laht moodustab ligemale viiendiku kaitsealast. Kevadel peatub Käina lahel 1000‒5000 lindu, sügisel võib see hulk olla üle nelja korra suurem.
• Käina lahes on umbes 15 väikesaart. Täpne arv sõltub veetasemest.
• Ravimuda, mida leidub nii Käina kui ka Vaemla lahes, on ladestunud viimase 2000 aasta jooksul. Ravimuda kasutatakse meditsiinis ja kosmeetikatoodete valmistamisel.
• Kassari on Eestis suuruselt viies saar, mis on Hiiumaaga ühendatud kahe teetammiga. Saare tuntuim vaatamisväärsus on Sääretirp ‒ 2 km pikkune kirde-edelasuunaline kiviklibune poolsaar.
• Kaitseala vapilinnuks on naaskelnokk (Recurvirostra avosetta), sest kaitsealal oli 1962. aastal selle liigi esimene teadaolev pesitsemine Eestis.
• Käina lahel ja selle ümbruses on põnevaimad  pesitsejad ja läbirändajad merikotkas (Haliaeetus albicilla), tutkas (Philomachus pugnax), niidurüdi (Calidris alpina schinzii), väike-laukhani (Anser erythropus). Siin võib kuulda hüüpi (Botaurus stellaris), aga kohata ka naaskelnokka (Recurvirostra avosetta), mustsaba-viglet (Limosa limosa) ja kivirullijat (Arenaria interpres).
• Taimedest on kaitseala üheks olulisemaks väärtuseks Eesti ainus säilinud peene jäneskõrva (Bupleurum tenuissimum) populatsioon. Siinsetel rannaniitudel tunneb end hästi ka hall soolmalts (Halimione pedunculata). Huvitavamatest liikidest kasvavad veel koldjas selaginell (Selaginella selaginoides), madal kadakkaer (Cerastium pumilum) ja loopealsetel üsna haruldaseks jäänud tui-tähtpea (Scabiosa columbaria).
• Kaitseala suureks väärtuseks on poollooduslikud kooslused. Nendel aladel kasvab hulgaliselt käpalisi ehk orhideid.
• Käina laht koos Hiiumaa laidude kaitsealaga kuulub 1997. aastast rahvusvahelise tähtsusega Ramsari märgalade hulka. Käina laht on rahvusvahelise tähtsusega linnuala (IBA). Lisaks on kogu kaitseala Natura 2000 võrgustiku osa ning kuulub Lääne-Eesti saarte biosfääri programmiala koosseisu.
• Käina lahe – Kassari maastikukaitseala valitsejaks on Keskkonnaamet.

Tiirud. Foto: Allar Liiv