1939. aastal võeti Käina lahe muda riikliku kaitse alla. 1961. aastal võeti ornitoloogilise keelualana kaitse alla Käina laht ja maastikulise keelualana Kassari saar. Ühtne Käina lahe – Kassari maastikukaitseala moodustati aastal 1998.
Kaitseala kaks kõige tähtsamat dokumenti on kaitse-eeskiri ja kaitsekorralduskava. Kaitse-eeskiri paneb paika kaitseala erinevad vööndid ning vööndites keelatud ja lubatud tegevused. Kaitsekorralduskava on kaitsealal vajalike tööde rakenduslik tegevusplaan.
Vastavalt kaitse-eeskirjale on Käina lahe – Kassari maastikukaitseala eesmärgiks kaitsta:
- Kassari saare ja Käina lahe äärseid poollooduslikke kooslusi ning Käina lahte;
- lindude rändepeatus- ning pesitsuspaiku;
- elupaigatüüpe;
- kaitsealuseid liike.
Käina lahe – Kassari maastikukaitseala jaguneb vastavalt kaitsekorrale:
- 11 sihtkaitsevööndiks (kogupindalaga 4163 ha);
- 4 piiranguvööndiks (kogupindalaga 1518,2 ha).
Piirangud tegevusele tulenevad looduskaitseseadusest ja Käina lahe – Kassari maastikukaitseala kaitse-eeskirjast. Tööde-tegevuste planeerimise aluseks on kaitseala kaitsekorralduslik dokument „Käina lahe – Kassari maastikukaitseala kaitsekorralduskava 2015–2024“.
Maastikukaitseala kaitsekorralduse põhimõtted:
- tasakaalu leidmine looduslike ja poollooduslike koosluste hooldamise, taastamise ja majandamise vahel; vajalikeks tegevusteks kaitsealal on näiteks heina ja roo niitmine, loomade karjatamine, puu- ja põõsarinde harvendamine;
- lindudele soodsate pesitsus- ja rändeaegsete tingimuste ning kaladele sobivate elutingimuste tagamine;
- mitmekesise ja kõrge miljööväärtusega maastiku säilitamine, taastamine ning kujundamine.