Nõmme-Mustamäe maastikukaitseala eesmärgiks on kaitsta Mustamäe nõlva, Nõmme liivikuid, allikaid ning linnatingimustes mitmekesiseid metsakooslusi. Kaitsealal kaitstakse loodusdirektiivi II lisas nimetatud nõmmnelki (Dianthus arenarius subsp. arenarius) ja tema elupaika ning kaitsealust linnuliiki kanakulli ja tema elupaika. 
Maastikukaitsealal toimuvad tegevused peavad lähtuma looduskaitseseadusest ja Nõmme-Mustamäe maastikukaitseala kaitse-eeskirjast. Nõmme-Mustamäe maastikukaitseala  kaitse-eeskiri võeti vastu Vabariigi Valitsuse 30.04.2004 määrusega nr 176 ning see on leitav Riigi Teatajast. Natura 2000 ala kaitse-eesmärgid on välja toodud Vabariigi Valitsuse 05.08.2004 korralduses nr 615 „Euroopa Komisjonile esitatav Natura 2000 võrgustiku alade nimekiri”.
Kogu kaitseala kuulub ühte piiranguvööndisse.
Kaitsealal toimuvate tööde-tegevuste planeerimise aluseks on rakenduslik tegevusplaan ‒ Nõmme-Mustamäe maastikukaitseala kaitsekorralduskava aastateks 2016-2025. 
Kaitsekord on uuendamisel, täpsem info SIIN 

Narmastunud kroonlehtedega taim
Nõmmnelk. Foto: Reet Kristian