Loodus

Kaitseala loodust ilmestab eelkõige erinevate metsadega ümbritsetud raba, mis on siinse ala veeringe südameks. Kaitsealune kõrgsoo ehk raba koosneb põhjapoolsest Mukri rabast ja lõunapoolsest Ellamaa rabast. Rabad on saanud nimed lähedalasuvate samanimeliste külade järgi. Tihti kutsutakse kahte raba kokku ühise nimega Mukri raba. 

Raba ehk kõrgsoo 

Kõrgsoo ehk raba on nime saanud kõrgest turbakihist. Seepärast on raba alati ümbritsevast alast kõrgem. Kõrgsoo on soo viimane arenguaste, kus ladestunud turbakiht on nii kõrge, et taimede juurestik ei ulatu toitaineterikka mineraalpinnase ega põhjaveeni. Turvas on lõpuni lagunemata taimemass, orgaaniline sete, mis tekib liigniiske, hapnikuvaese ja happelise keskkonna tõttu. Turbapinnas on toitainevaene, mistõttu saab raba eriline taimestik toitaineid  peamiselt sademetes olevast tolmust. Mukri raba turbakihi paksus on keskmiselt 4,6 m ja sügavaimad kihid ulatuvad 8,5 meetrini.
Mukri looduskaitsealal on raba kõige suurema pindalaga elupaigatüüp, moodustades  kaitsealast veidi üle poole, 51%. Siirdesood esineb Ellamaa ja Mukri raba lõunaosas, millest osa on looduslik, osa on tekkinud kunagistesse turbavõtukohtadesse. Raba keskosas levib puisraba, äärealadel on siirde- ja madalsoomets.

Mukri raba on suuremast inimtegevusest mõjutamata ja säilitanud seetõttu suures osas oma loodusliku toimimise. Kuigi turvast on ka siit varutud, tehti töid käsitsi ja väikesel alal, seega pole kahju olnud suur. Turvast varusid 1920.-1950. aastatel Kobra turbaühistu, üksiktootjad ja kohalik ühismajand nii loomadele allapanuks kui ka kütteks. Turba varumist meenutavad kraavid raba Eidapere-poolses osas ning väikesed turbaaugud ja -aunad on näha kruusateelt otse järve äärde viiva laudtee kõrval. Raba lääneosas on tehtud ettevalmistusi turba kaevandamiseks, lõunaosas on 55 ha vanu labidakarjääre. Eelmisel sajandil, enne kaitseala moodustamist, on alale kaevatud kuivenduskraave, mis on ala väärtustele halvasti mõjunud. Kraavituse mõjul on osa laukaid kinni kasvanud. Tulevikus on plaan kraavid sulgeda, et taastada inimtegevusest mõjutatud alade esialgne veerežiim koos elupaikadega.

Veestik

Turvas imab ja hoiab endas palju vett. Kuivendamata raba turbas on keskmiselt 90% vett. Nii paikneb kaitseala veestikust kõige suurem osa turbas, kuhu on kogunenud sademete vesi. Mukri raba kõrgemast keskosast väljavalguv vesi liigub Imsi ja Vaki ojadesse ning Massu jõkke. Need vooluveed suubuvad Vändra jõkke, mis kannab vee edasi Pärnu jõe kaudu Liivi lahte Läänemeres. Loodusliku raba veeringe aitab tasakaalustada ümbritsevate alade veeolusid - hoiab ära üleujutusi ja annab leevendust põua ajal. 
Mukri raba on älveste- ja laugasterikas. Laugas on vaba veega veesilm turbapinnases. Laukad on vanemate rabade tunnuseks. Älved on madalamad ja vesisemad kohad raba pinnal, mis on siiski taimestikuga kaetud. 

Ellamaa raba põhjaosas asub mitu järve, neist suurim on 2,2 ha suurune Eidapere järv. Järve kaldaalale on moodustunud õõtsik. Järve pikkus on 340 m, laius 100 m ja hästi liigestunud kaldajoone pikkuseks on 1605 m. Nagu tüüpilised rabajärved ja laukad, on ka Eidapere järve vesi turba ja humiinainete tõttu pruunikas. Humiinained on vees lahustumatud turbas olevad orgaanilise aine kogumid. Sellised veekogud on elupaigaks põhjapoolse levikuga haruldastele plankteritele. Plankter on väga väike, vees hõljuv organism. Eidapere järves on kolm turbasaart, millel puudub ühendus mineraalmaaga. Järves kasvab arvukalt nii valget kui väikest vesiroosi. Mõlemad kaitsealused liigid pakuvad õitsemise ajal (juunis-juulis) imelist vaatepilti.

Metsad 

Mukri looduskaitsealal on kõige levinumaks metsakoosluseks raba servaaladel kasvavad siirdesoo- ja rabametsad, kokku 234 ha, mis moodustavad kaitsealast 11%. Need metsad sobivad metsiste elupaigaks. Kaitseala põhjaosas ja raba servades on säilinud vanu loodusmetsasid, mis moodustavad kaitsealast 3%. Vanad loodusmetsad on  vähese inimmõjuga vanad metsad, kus on aegade jooksul kujunenud soodsad elupaigad paljudele praeguseks ohustatud liikidele. Ohustatud liike on nii sammalde, samblike, seente kui ka loomade seas. 
Vanad loodusmetsad on ka rohunditerikkad kuusikud, mida on Mukri looduskaitsealal vaid 1 ha. Sellised metsad kasvavad hea veevarustusega aladel, kus põhjavesi liigub maapinna lähedal ja pinnas on toitainerikka mullaga. Need metsad on salukuusiku ja kuuseenamusega puistud. 
Mukri rabast lõunas paikneb 11 ha suurusel alal esinduslik soostuvate ja soo-lehtmetsade kooslus. Ka sellele metsa elupaigale on omane põhjavee maapinnalähedus, mis kevadisel kõrgvee ajal võib ulatuda tihti maapinnale. Sellistes tingimustes kujunevad puude alumise tüveosa ümber nn tüvemättad. 
Kaitsealal on ka tugevasti kuivendatud kõdusoometsi, kus on palju jämedat lamapuitu, tüükaid ja teisi metsa elupaikade mitmekesisust tõstvaid elemente. Sageli on need elemendid just olulised haruldaste liikide elupaigana, näiteks sammaldele ja samblikele.  

Niidud – poollooduslikud rohumaad

Niidud kui poollooduslikud rohumaad on muutunud haruldaseks ja seetõttu on ohustatud nende kooslustega seotud liikide elupaigad ja toitumisalad. Mukri looduskaitseala idaosas leidub ligi viiel hektaril aas-rebasesaba ja ürt-punanupuga niitu. Rohumaad on ilmselt kasutatud põlluna ja ka mõõdukalt väetatud, mistõttu on liigiline koosseis vaesunud. Koosluse säilimiseks on vajalik inimtegevuse – niitmise – jätkumine. 

Kaitsealused liigid 

Mukri looduskaitsealal on elupaiku paljudele liikidele, ka kaitsealustele. Kaitsealustest liikidest on seatud Mukris kaitse-eesmärgid neljale taimeliigile. Need on I kaitsekategooriasse kuuluv orhidee lehitu pisikäpp ja II kaitsekategooriasse kuuluvad sagristarn ning orhideedest kõdu-koralljuur ja väike käopõll. 
Kaitsealustest taimeliikidest kasvavad siin veel II kaitsekategooriasse kuuluv sookäpp ja sale villpea ning III kaitsekategooriasse kuuluvad roomav öövilge, harilik ungrukold, väike vesiroos, valge vesiroos, kuradi-sõrmkäpp ja vööthuul-sõrmkäpp. 

Loomadest on Mukri looduskaitsealal eraldi tähelepanu all kolm linnuliiki – must-toonekurg, metsis ja kanakull.

Must-toonekurg on rändlind, I kaitsekategooriasse kuuluv toonekureline. Liik on Eestis kriitilises seisundis, tema arvukus on vähenenud 1980. aastate alguse 250 pesitsevalt paarilt praeguse 40–60 paarini. Põhjuseks on sobivate toitumisalade ja elupaikade kadumine inimtegevuse tagajärjel. Must-toonekurele sobib elupaigaks vaid vana looduslik mets varjuliste vooluveekogude läheduses. Lisaks must-toonekurele saavad sellistes vanades metsades elada veel kuni 400 ohustatud liiki. Must-toonekurge nimetatakse teiste ohustatud liikide suhtes katusliigiks, sest must-toonekure kaitsega on hoitud ka kõik teised sealsed liigid. 

Tuntuim Mukri must-toonekurg on aastast 2008 noor isalind Oss ja tema poeg Ossipoeg. Nemad said 2008. aasta suvel uurijatelt endale nimed ja selga raadiosaatjad. Raadiosaatja abil on jäädvustatud mõlema linnu rännakud aastal 2008 ja Ossi liikumised kuni 2011 aastani. Need teekonnad ja lisainfo koos piltidega (avanevad klikkides linnu nimel) on vaadeldavad siin.

Metsis on paigalind, kes on väheneva arvukusega II kaitsekategooriasse kuuluv kanaline. Metsis on tuntud isaslindude kevaditi toimuvate pulmamängude poolest. Mukri looduskaitseala on oluline metsise eluala, sest jääb teiste lähedalolevate metsisealade vahele ühendavaks koridoriks. Mukri raba ääres on kinnitust leidnud kaks mänguala kuue kukega. 

Kanakull kuulub II kaitsekategooriasse ja on Eestis hajusalt levinud paigalind. Tema arvukus on oluliselt vähenenud intensiivse metsamajanduse tõttu. Mukri alal on kanakull pesitsenud pikema aja jooksul ja seda olukorda püütakse säilitada. Piirkond on kanakullile soodne, sest tegu on olulise metsisealaga, kes on kanakulli üheks saakobjektiks.
Liigi kohta loe lisaks ajakirjast Eesti Loodus.

Teistest kaitsealustest loomaliikidest elavad Mukri looduskaitsealal II kaitsekategooriasse kuuluv laanerähn ning III kaitsekategooria liikidest teder, hallõgija, punaselg-õgija, hoburästas, männi-käbilind, punajalg-tilder, mudatilder, heletilder, sookurg, hiireviu  ja raudkull.