Ландшафты национального парка очень разнообразны. Матсалу характеризуют ровные прибрежные зоны, сформировавшиеся на протяжении многих столетий в результате воздействия природы и человека. В связи с этим здесь можно найти окультуренные природные сообщества, которые в Европе практически исчезли. В Матсалу находятся крупнейшие в Северной Европе пойменные земли, крупнейшие в Европе береговые луга и характерные для Западной Эстонии альвары.  

Площадь береговых лугов в Национальном парке Матсалу составляет около 3000 гектар. Помимо птиц, находящихся в Европе под угрозой исчезновения (чернозобик, турухтан, болотный кулик), на этих покрытых невысокой травой береговых пастбищах обитает камышовая жаба. Основная цель национального парка - продолжить традиционное сельское хозяйство (сенокос, выпас) на прибрежных территориях Матсалу. Со смотровых вышек Кеэму и Хаеска открываются великолепные виды на национальный парк, а береговые луга Пыгари-Сасси, Теорехе, Метскюла или Мыйзакюла — отличные места для прогулки.

Камышовая жаба. Фото: Каарел Кайзель

В восточной части национального парка находится крупнейший в Европе управляемый пойменный луг площадью 4000 гектар. Великолепное зрелище представляет ежегодный разлив низовья реки Казари. Затопленный луг становится местом остановки водоплавающих птиц - лебедей, гусей и уток. Пойменные луга можно увидеть со смотровой вышки Клоостри и Раннайыэ, а также вокруг моста Казари.

В восточной части Матсалуского залива и в западной части дельты реки Казари находится крупнейший в Эстонии тростниковый массив. Его площадь составляет около 2000 гектар. Красивый вид на массив открывается со смотровой вышки Пенийыэ или Суйтсу. В апреле и мае из зарослей тростника доносятся ночные звуки, которые издают выпь, соловьиный сверчок, различные камышовки, погоныш и пастушок.

Вид на реку Суйтсу и хижины. Фото: Неле Сыбер

К территории национального парка относятся также около 50 небольших островов.  На островах находятся колонии птиц, где бок о бок гнездуют чайки, крачки, лебеди-шипуны, серые гуси, тупаны, гаги, кулики-сороки, галстушники и многие другие птицы. В заливе Матсалу также расположено несколько островов. За видовым богатством птиц можно наблюдать со смотровых башен Кеэму или Хаеска. 

В Матсалу растут лиственные леса, возникшие на месте сенокосов и пастбищ.  Лесолуга можно увидеть возле реки Пенийыэ в деревне Кирикукюла. Изучить леса ближе можно на туристических тропах Салевере, Салумяэ, Суйтсу и Кийдева.