Заповедник Пухту-Лаэлату находится на западно-эстонской низменности, и для него характерны изрезанная береговая линия, невысокие волны и островки. Площадь заказника составляет 3058 гектар, примерно 1980 гектар из которых приходится на водное пространство: 150 гектар мелких береговых озер и 1830 гектар морской территории.
Цель заказника заключается в охране, восстановлении и сохранении разнообразия флоры и фауны, а также мест обитания находящихся под охраной видов - природных и полуприродных биоценозов. Усыпанное островками взморье предлагает птицам благоприятные условия для остановки во время миграции и гнездования. На полуострове Пухту находится известный своим видовым разнообразием широколиственный рамень, который сформировался из бывшего парка. Благодаря традиционному землепользованию в Лаэлату сформировалось одно из самых разнообразных луговых растительных сообществ в Европе. Много видов растительного и животного мира обитает на береговых лугах, а также на зарастающих камышом бухтах и бывших пастбищах.
В заказнике находятся территории международного значения: Рамсарские угодья Пухту-Лаэлату-Нехату, входящая в сеть Natura 2000 природная и орнитологическая зона Вяйнамере и Вяйнамери, которая является как зоной конвенции HELCOM, так и важной орнитологической природоохранной зоной (IBA).
На полуострове Пухтулайд находится биологическая станция - учебная и научная база Эстонского университета естественных наук. Она была построена в 1953 году по инициативе профессора Ээрика Кумара. С 1985 года на лесолуге Лаэлату действует Биологическая станция Лаэлату, созданная совместно Тартуским университетом и Эстонским университетом естественных наук, которая дает новые возможности для изучения редких биоценозов лесолуга.