Kaitseala kaks kõige tähtsamat dokumenti on kaitse-eeskiri ja kaitsekorralduskava. Kaitse-eeskiri paneb paika kaitseala erinevad vööndid ning vööndites keelatud ja lubatud tegevused, kaitsekorralduskava on kaitseala rakenduslik tegevusplaan.

Matsalu rahvuspargi valitseja on Keskkonnaamet. Majandustegevuste planeerimisel (sh ehitustegevus, metsamajandamine, rahvaürituste korraldamine) tuleb saada kooskõlastus Keskkonnaametilt. Loe lisaks Keskkonnaameti kodulehelt.