Национальный парк Соомаа был создан для охраны болот, пойменных лугов, лесов, мест обитания находящихся под охраной видов и культурного наследия в юго-западной части Эстонии. Ровная, слегка поднимающаяся в южной части форма рельефа национального парка была сформирована отступающим ледником как дно ледникового озера, простиравшегося между краем ледника и возвышенностью Сакала.
В основном национальный парк покрывают верховые болота, которые отделяют друг от друга реки, текущие в природных руслах. Особенностью национального парка являются наводнения, которые здесь называются "пятым временем года", и которые могут затапливать до 17 500 гектар земли.
Общая площадь национального парка составляет 39 844 га, 51% от его площади занимают болота, 5% - пойменные луга, 0,5% - поля, а остальную часть образуют различные лесные сообщества.
Предшественниками Национального парка Соомаа были созданы - в 1957 году ботаническая запретная зона лесолуга Халлисте и сформированный в 1981 году болотный заказник Кикепера, Ёэрди, Куресоо и Валгераба. После объединения этих территорий в 1993 году был образован Национальный парк Соомаа. Пятое болото Соомаа, верховое болото Рийза, было присоединено к заповедной территории в 2005 году.
С 1989 года Соомаа является орнитологической территорией международного значения (IBA). Кроме того, с 1997 года национальный парк входит в число водно-болотных угодий международного значения, т.е. в Рамсарский перечень, а с 2004 года Национальный парк входит в Общеевропейскую экологическую сеть Natura 2000 в качестве особой природной и орнитологической территории.
