• Площадь национального парка составляет 48 860 га.
• Цель национального парка – защитить гнездящихся, линяющих и мигрирующих птиц, а также характерные для Западной Эстонии ландшафты и культурное наследие Вяйнамери.
• В национальном парке имеется более 780 видов сосудистых растений, 280 видов птиц и 40 видов млекопитающих, а также 5 видов земноводных и 4 вида пресмыкающихся.
• В 1997 году с расположенной на севере национального парка смотровой вышки Хаэска за 24 часа было насчитано 128 разных видов птиц. Хаэска признана лучшим местом для наблюдения за птицами в Северных странах.
• Матсалу – это одна из наиболее важных в Европе территорий, где гнездятся и останавливаются мигрирующие водоплавающие птицы. Ежегодно через национальный парк пролетает более 2 миллионов птиц. На короткий или длительный период в Матсалу остается более 230 000 из них.
• Редкие виды: пололепестник зелёный, камышовая жаба, чернозобик, турухтан, орлан-белохвост, обыкновенный филин, пискулька.
• В национальном парке и поблизости от него можно обнаружить более 20 видов орхидей.
• В 2013 году в национальном парке был пойман первый шакал в Эстонии.

Владельцем Национального парка Матсалу является Департамент окружающей среды.