Протяженность острова Вильсанди с запада на восток составляет примерно 6 км, его ширина местами достигает 2,5 км. Остров состоит из двух частей: Большого и Малого Вилсанди. Узкий участок между двумя островами называют Вахемере. Прибрежный ландшафт острова разнообразен. Здесь есть как доломитовые скалистые берега, в честь которых остров получил свое название (по-немецки Felsand – скалистая, каменистая земля), так и ровные прибрежные луга.
Морской берег оживляют можжевельник и камыш. В центральной части Большого Вилсанди растет характерный для сухой почвы альварный сосняк. Леса Малого Вильсанди более влажные. С берега можно в любом направлении увидеть небольшие острова. Один из самых живописных – это расположенный к северу от острова, покрытый галечником остров Весилоо.
Вилсандийский маячный городок. Фото: Кадри Паомеэс
Самыми характерными для острова растениями являются катран приморский (Crambe maritima), герань кроваво-красная (Geranium sanguineum), синяк обыкновенный (Echium vulgare), полынь горькая (Artemisia absinthium), очиток едкий и очиток белый (Sedum acre; S. album). Из охраняемых видов можно увидеть: клевер полевой (Trifolium campestre), герань блестящую (Geranium lucidum), полынь приморскую (Artemisia maritima) и ложечницу датскую (Cochlearia danica). Из орхидей распространены: ятрышник дремлик (Orchis morio), любка зеленоцветная (Platanthera chlorantha), ятрышник шлемоносный (Orchis militaris) и пальчатокоренник балтийский (Dactylorhiza baltica).
Острова Вайка подходят для гнездования птиц, которым окружающее острова море предлагает пищу. Также на островах им не угрожают хищники. Самые многочисленные из гнездящихся на острове птиц - это гаги (Somateria mollissima), чайки (Larus), крачки (Sterna) и кормораны (Phalacrocorax carbo). Скалистый берег и каменные ограды облюбовала для обитания обыкновенная каменка (Oenanthe oenanthe). На берегу можно часто увидеть летающего и добывающего пищу кулика-сороку (Haematopus ostralegus), а на камнях любят посидеть орланы-белохвосты (Haliaeëtus albicilla).
Обыкновенная гага (Somateria mollissima). Фото: Карл Яакоб Топлаан