Эмайыги и Чудское озеро играли большую роль в формировании ландшафта. В ледниковый период река Эмайыги, вытекающая из озера Выртсъярв в Ранну-Йыэсуу и впадающая в Чудское озеро в Праага, текла в противоположную сторону - из Чудского озера в более крупное озеро Выртсъярв. Направление течения - из озера Выртсъярв в сторону Чудского озера - река изменила только 6000‒7000 лет назад.

Болото Эмайыэ-Суурсоо образовалось на месте древнего Чудского залива. К его образованию, то есть, заболачиванию местности, привела медленно растекающаяся на юг вода Чудского озера вследствие подъема почвы. В основном болото всего на 1-2 метра выше среднего уровня Чудского озера. В болотной системе находятся сформировавшиеся из песчаных береговых валов и камов болотные острова. Всего их около 80.  Большинство древних береговых валов погребено под слоем торфа. В заказнике представлены все три стадии развития болота: больше всего низинных болот. За ними следуют переходные болота, самые известные из которых Йыммисоо, Варнья и Педаспяэ. Также на территории заказника есть одно верховое болото, или болото Меэрапалу.

Bлагалищная пушица. Фото: Ингмар Муусикус

Река Эмайыги, ее приток Ахья и рукава Кооза и Калли делят болотную систему на болота, различающиеся по возрасту и внешнему виду. Глубокие реки текут с небольшим понижением, местами разливаясь озерами, а на некоторых участках направление течения изменяется в зависимости от уровня Чудского озера.

В болотной системе 8 озер. Самые большие: Кооза (282,7 гектар) и Калли (198,7 гектар). Остальные представляют собой водоемы площадью менее 100 гектар. Богатые флорой озера глубиной до двух лет имеют илистое или торфяное дно.  Все озера, соединенные с реками и Чудским озером, являются важным местом нереста обитающих в Чудском озере рыб.

В результате таяния снега в апреле-мае уровень Чудского озера повышается до 0,7 метров. В тот период в болотной системе затапливается территория площадью около 7000 гектар. Когда вода достигает наивысшего уровня, в ней видны только болото Меэрапалу и высокие болотные озера.

Фото: Ингмар Муусикус

Флора и фауна

Флора и фауна заказника характерна для нетронутых природных ландшафтов. Большая и практически незаселенная территория является ценным местом остановки и гнездования водоплавающих и болотных птиц. В заказнике было зафиксировано не менее 176 видов птиц, 7 из которых находится под охраной. Здесь гнездятся связанные с нашими природными ландшафтами орлан-белохвост, скопа и беркут, а также тетерев, погоныш и болотная выпь. Известно, что раньше в заказнике гнездились также большой подорлик и малый подорлик.

В заповеднике Пейпсивере можно увидеть около 40 видов млекопитающих. Чаще всего встречаются лось, кабан, косуля, лиса, енотовидная собака, лесная куница, волк и рысь. Медведи предпочитают ту часть заказника, которая ближе к поселку Ярвселья. Из связанных с водой млекопитающих здесь обитают: обыкновенная кутора, водяная полевка, бобр, выдра и американская норка.

Разнообразные реки и озера заказника являются излюбленными местами обитания и нереста 35 видов рыб. Самые распространенные из них: лещ, плотва, язь, окунь, судак, ерш и щука. Из охраняемых видов можно увидеть жереха, обыкновенного сома, вьюна и обыкновенного подкаменщика. В заказнике рыбная ловля ограничена в местах обитания и нереста некоторых видов рыб.

В заказнике Пейпсивере, в том числе на Пийриссаар, ученые нашли 9 видов амфибий, наиболее редкие из них - обыкновенная чесночница и зеленая жаба. Правда, в последний раз зеленую жабу видели в 2006 году. Из пресмыкающихся здесь обитают гадюка, уж и живородящая ящерица, а из находящихся под охраной насекомых - подводень двуполосный, борос Шнайдера, стрекоза двухцветная и коромысло зеленое.

В заказнике было обнаружено 425 видов болотных растений, 27 из которых взято под охрану. Например, здесь можно увидеть такие редкие растения как горечавка легочная, гроздовник многораздельный, камыш укореняющийся,  болотная мякотница, сибирский касатик и пр. Считается, что здесь самые большие в Эстонии запасы клюквы.

Клюквы. Фото: Кайли Виилма