Цель защиты заповедника Набала-Тухала – охрана родников, родниковых зон и карстовых форм, в том числе подземных рек и водного режима уникального карстового региона с тухаласким Ведьминым колодцем, болотных и лесных экосистем региона, биоразнообразия и находящихся под угрозой исчезновения и охраняемых видов, типов местообитаний, указанных в приложении I к директиве об охране природы, и видов и их местообитаний, указанных в приложении II, видов и их местообитаний, указанных в приложении I к директиве о птицах.