Природа
Склон Мустамяэ и ныммеские песчаные пустоши
Склон Мустамяэ образовался во время последнего наступления материкового льда и обозначает положение края континентального льда. В широкой дельте ледниковой реки ныммеские песчаные пустоши образовались в результате того, что талые воды ледника несли продукты выветривания, которые оседали, образуя обширные песчано-гравийные отложения. Песчаные пустоши находятся в восточной части заповедника у подножия склона Мустамяэ. После отступления ледника на развитие склона Мустамяэ и ныммеских песчаных пустошей оказало влияние сначала Балтийское ледниковое озеро, а затем Анциловое озеро (9300–7600 лет назад) и Литориновое море (7600–4200 лет назад).
Источники
У подножия высокого и крутого склона Мустамяэ весной в изобилии бьют источники. В самом крупном бассейне источников в парке Глена на участке длиной около километра бьют 24 источника, 10–12 из которых активны в летнее время. Самый большой из них — «Источник радости» (Rõõmuallikas), расход воды в котором может достигать 10 л/с. Вода источников поступает с ныммеских песчаных пустошей. Как известно, вода из источников использовалась для питья еще в 1994 году.
Леса
Леса отличаются разнообразием, их разнообразный видовой состав обусловлен различными режимами влажности. К лесам заповедника относятся лес Сютисте, лес Рахумяэ, лес Хюппеторни, лес Рыымуаллика, лес Кивинука, лес Куузику и лесопарк Глена.
Участки заповедника с тонким слоем почвы в основном покрыты сухим сосновым бором и суборью. В городском контексте более примечательны болотные леса, которые расположены под склоном Мустамяэ в районе бассейна источников и в которых растут черная ольха, береза, осина, дуб, а также единичные ели и сосны. Один из самых представительных лесов — лес Куузику, возраст самых старых елей в котором составляет около 150 лет. Помимо лесов, встречаются и сообщества открытого ландшафта: альвары и суходольные луга.
Биота
В разнообразном ландшафте сформировались богатые видами сообщества. Обнаружено десять охраняемых видов растений, наиболее важными из которых являются гвоздика песчаная и прострел луговой. Из орхидных — дремлик темно-красный, пальчатокоренник Фукса, тайник яйцевидный и др. Здесь произрастает 59 видов мхов и 98 видов лишайников.
Зарегистрировано более 120 видов птиц. Примечательно, что в заповеднике уже более десяти лет происходит гнездование ястреба-тетеревятника. Среди других хищных птиц, которые гнездятся на территории заповедника, также чеглок, канюк обыкновенный и ястреб-перепелятник. Деревья с дуплами служат местом обитания дятлов (черных дятлов, малых и больших пестрых дятлов), больших синиц и лазоревок обыкновенных, мухоловок-пеструшек. В кустарниках и местах с густым подседом обитают зарянки, соловьи, черноголовые и серые славки и др. В сосновых лесах и суборях многочисленны зяблики, пеночки-веснички, черные дрозды и др.
Деревья с дуплами служат убежищем для летучих мышей. Из земноводных в заповеднике обитают травяная лягушка, остромордая лягушка и жаба обыкновенная. Из млекопитающих здесь можно встретить зайца-русака, лису, европейскую косулю.
