В 1939 году впервые были взяты под охрану  Адралайд и Пухтулайд. В 1957 году была создана ботанико-зоологическая запретная зона  Виртсу-Лаэлату-Пухту, и в 2003 году организовали заповедник Пухту-Лаэлату.

Считается, что в лесолугах Лаэлату можно наблюдать самое богатое биоразнообразие в Европе. Здесь произрастает более 400 видов сосудистых растений и 30 видов лишайников. Также на лесолуге было обнаружено 2/3 произрастающих в Эстонии видов орхидей.

Достойным внимания биоценозом является находящийся на полуострове Пухту, или на Пухтулайд рамень, где преобладают липа и дуб. Там произрастает 60 видов деревьев и кустарников. Полуостров Пухту - это одно из самых известных мест для наблюдения за перелетными птицами в Эстонии. Во время весеннего перелета через пролив Суур Вяйн перелетает несколько миллионов арктических водоплавающих птиц, например, морянка, синьга, турпан, краснозобая гагара и чернозобая гагара. Во время перелета тут останавливаются также морская чернеть, луток, лебедь-кликун, американский лебедь и многие другие.

Заповедник является постоянным местом гнездования множества птиц. Побережье и морские острова предлагают место обитания например, чернозобику, турухтану, морской чернети и болотному кулику. В предлагающих великолепное укрытие камышах гнездятся большая выпь, водяной пастушок, болотный лунь, в прибрежных лесах обитает орлан-белохвост.

Заповедник Пухту-Лаэлату является одним из наиболее изученных территорий в Эстонии. Там находятся биологические станции, связанные с научной и учебной работой Тартуского университета и Эстонского университета естественных наук. В заказнике проводились научные исследования, имеющие всемирное значение.

В заказнике находятся территории международного значения: Рамсарские угодья Пухту-Лаэлату-Нехату, входящая в сеть Natura 2000 природная и орнитологическая зона Вяйнамере и Вяйнамери, которая является как зоной конвенции HELCOM, так и важной орнитологической природоохранной зоной (IBA). Управляет заповедником Пухту-Лаэлату Департамент окружающей среды.