Ландшафты

На формирование живописных ландшафтов повлиял в основном материковый ледник. В заповеднике находится две гряды: Аэгвийду-Паукъярве (протяженностью около 16 км) и Кулли-Койтъярве (протяженностью около 8 км). Здесь есть возвышенности высотой до 100 метров, а также озы, камы и плато с крутыми склонами. Между грядами и камами и вокруг них простираются болота, образовавшиеся из бывших озер. Во впадинах, отмечающих места бывших ледяных глыб, находятся глубокие озера.

Леса

Пыхья-Кырвемаа - это, прежде всего, леса и болота. Леса, в т.ч. заболоченные и болотные леса покрывают 78% площади заказника. Благодаря разнообразному рельефу и почвенному покрову, особенными леса Пыхья-Кырвемаа делает то, что местами на очень маленькой территории встречается множество разных типов мест произрастания.  Встречаются сосновые леса, субори, сурамени, рамени и заболоченные леса. Большие нетронутые леса предлагают подходящие места обитания для крупной дичи: волка (Canis lupus), бурого медведя (Ursus arctos), рыси (Lynx lynx), лося (Alces alces) и косули (Capreolus capreolus).
 

Болота и топи

Топи, а также сообщества низинных и переходных болот занимают около 50% заказника. В основном это верховые болота, самые большие из которых богатые окнами болота Койтъярве, Кынну Суурсоо и Выхма. 

Песчаные земли, поросшие редким кустарником

Именно раскинувшееся на камовом поле Юсси вересковое поле является одним из самобытных биотопов заказника Пыхья-Кырвемаа. Сообщество возникло в результате корчевания территории и возгораний почвы во время использования территории в качестве полигона.  Это подходящее место для обитания охраняемого вида бабочек — голубянки арион (Maculinea arion). Также здесь обитают прыткая ящерица (Lacerta agilis), тетерев-косач (Tetrao tetrix), лесной жаворонок (Lullula arborea), и выходит на охоту беркут (Aquila chrysaetos). На участке произрастают прострел раскрытый и прострел луговой (Pulsatilla patens, P. pratensis), а также дифазиаструм трехколосковый (Diphasiastrum tristachyum). 

Дифазиаструм трехколосковый или голубой кедр. Фото: Уудо Тимм 

Реки и озера

В заказнике находится более 30 озер, вместе с крупными окнами их количество достигает 50.  Некоторые озера признаны самыми чистыми и прозрачными в Эстонии. Оживляют территорию группы озер Юсси, Метстоа и Ярви. В Пыхья-Кырвемаа находится три из пяти самых глубоких озер Северной Эстонии, самое глубокое из них - 14-метровое озеро Метстоа Умерикъярв. Особого внимания заслуживает 11-метровое озеро Паукъярв, видимость в котором достигает 6 метров в глубину. Озеро получило свое название из-за многократно повторяющегося там эха.  В олиготрофном озере Мяхусте глубиной более 7 метров произрастает целый ряд охраняемых и малочисленных видов растений, например, Лобелия Дортмана (Lobelia dortmanna), полушник колючеспоровый (Isoetes echinospora), полушник озерный (I. lacustris), ежеголовник узколистный (Sparganium angustifolium) и кубышка малая (Nuphar pumila).

Из источников проточной воды наиболее важными являются реки Валгейыги и Соодла, протекающие на восточной  границе заказника.  Река Валгеыйги находится под охраной как место обитания лососевых. Известно о 23 видах обитающих там рыб. Раки в реке Соодла вымерли во время вспышки чумы раков в 1999 - 2000 году. Речные раки (Astacus astacus) вновь заселили реку, но их популяция еще очень малочисленна. Из окна Ярви Пикклаугас вытекает река Пудисоо.

Богатство флоры и фауны

Разнообразие мест произрастания обуславливает видовое богатство. Поскольку заказник долгое время был закрыт для обычных посетителей, флора и фауна на его территории мало изучена. Насколько известно, на территории заказника гнездятся не менее 128 видов птиц, имеющие наибольшее значение из которых: беркут (Aquila chrysaetos), тетерев-косач (Tetrao tetrix), глухарь (Tetrao urogallus), серый журавль (Grus grus), черный аист (Ciconia nigra).
Из беспозвоночных под охраной находятся  змеедедка рогатый (Ophiogomphus cecilia) и толстая перловица (Unio crassus).

Зафиксировано 511 видов сосудистых растений, 129 видов мхов и 214 видов лишайников. Из растений наиболее редкими является остролодочник полевой (Oxytropis campestris), который в Эстонии произрастает только в Пыхья-Кырвемаа. Стоит отметить заразиху Бартлинга (Oxytropis campestris), которая паразитирует на жабрице порезниковой (Libanotis montana). В лесу растут орхидеи: гудайера ползучая (Goodyera repens), пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza fuchsii) и любка двулистная (Platanthera bifolia).
Из грибов обнаружен охраняемый спарассис курчавый (Sparassis crispa).