Основная цель создания заповедника Луйтемаа заключается в защите прибрежного и природного ландшафта Юго-Западной Эстонии.

В соответствии с режимом охраны заповедник Луйтемаа делится на:

• 17 зон целевой охраны (7482,6 гектар);
• 2 ограничительные зоны (3818,8 гектар).

Ограничения деятельности вытекают из Закона об охране природы и предписания по охране заповедника Луйтемаа. Организация и деятельность службы охраны основана на программе организации охраны в заповеднике Луйтемаа и заповедной зоне Луйтемаа на 2017-2026 год.