На севере от озера Выртсъярв расположен обширный природный комплекс с большими болотами, девственными лесами, извилистыми реками, большими пойменными лугами, незначительным количеством дорог и редкими поселениями. С 1994 года в наиболее характерной для озера части находится одна из крупнейших в Эстонии заповедных территорий - заповедник Алам-Педья (34 396 гектар). Его границы проходят, преимущественно, по рекам: с севера участок ограничивают реки Педья, Умбуси и Пиккнурме, с востока - река Лаэва, с юга - южный край пойменного луга Эмайыэ и болото Сангла, с запада - реки Педья и Пылтсамаа.  Заповедная территория находится в трех уездах - Тарту, Йыгева и Вильянди.

Целью заповедника Алам-Педья является защита природного многообразия, в максимальном объеме обеспечивающая природное развитие болотного и лесного сообществ, сохранность лугового сообщества и сохранность местообитаний охраняемых видов.