Хотя территория заповедника Вийдумяэ относительно невелика, он является домом для очень многих видов растений, животных и грибов. Древний береговой уступ разделяет местность на две части, которые в значительной мере отличаются друг от друга. Выше уступа расположены более сухие зоны, расчлененные низкими береговыми валами и дюнами. Благодаря родникам, ниже уступа расположены более влажные зоны, которые также разделены древними береговыми образованиями.

Чередующийся рельеф обуславливает отличия температурных условий, освещения, почвы и влажности. Это, в свою очередь, обуславливает особое разнообразие видов в заповеднике с мягким морским климатом. Например, здесь было обнаружено более 750 видов сосудистых растений, 60 видов из которых находятся под охраной. В заповеднике произрастает более 230 видов лишайников и мхов и примерно 700 видов грибов. Здесь обитает более 675 видов крупных бабочек, более 200 видов пауков и 21 вид муравьев. Это число возрастает, поскольку ученые постоянно обнаруживают новые виды. В то же время, некоторые природные сообщества только ждут своей очереди на исследование.

Валунное поле в лесу Вийдумяэ. Фото: Аллар Лийв

Леса

Примерно 85% Вийдумяэ покрыто лесом. Почти везде преобладающим видом деревьев является сосна. Здесь встречаются леса разного типа: от боров с высокими мачтовыми соснами до болотных, альварных лесов и раменей. В некоторых сосновых лесах Вийдумяэ подлесок образуют кряжистые дубы. В Эстонии такие сосняки с дубами считаются реликтовым типом леса, который был распространен в более теплый климатический период по сравнению с современным.

Многие редкие виды растений, произрастающих в лесах Вийдумяэ, предпочитают солнечные места для роста: лесные поляны и лощины, по краям заросших лесных дорог и просек, на склонах уступов. Здесь встречаются такие степные растения, как остролодочник волосистый (Oxytropis pilosa) и горошек кашубский (Vicia cassubica), на более плодородных почвах произрастает зверобой горный (Hypericum montanum), клевер альпийский (Trifolium alpestre), яблоня дикая (Malus sylvestris) и рябина скальная (Sorbus rupicola). В полутемных сухих сосняках можно увидеть красный пыльцеголовник (Cephalanthera rubra), а в суборях - гудайеру ползучую (Goodyera repens). Более темные леса облюбовали плющ обыкновенный (Hedera helix), овсяница высокая (Festuca altissima), кострец Бенекена (Bromus benekenii) и черемша (Allium ursinum).

Серая неясыть (Strix aluco). Фото: Карл Яакоб Топлаан

Для сосняков Вийдумяэ характерны такие виды птиц как клинтух (Columba oenas), желна (Dryocopus martius) и деряба (Turdus viscivorus), в старых сосняках гнездятся орланы-белохвосты (Haliaeëtus albicilla). Лиственные и смешанные леса служат домом для черного аиста (Ciconia nigra),  мохноногого сыча (Aegolius funereus), воробьиного сыча (Glaucidium passerinum), неясыти (Strix aluco), малого дятла (Dendrocopos minor) и многих других лесных видов. В Вийдумяэ можно нередко увидеть, как самого барсука, так и следы его деятельности, а самые крупные обитатели наших лесов - это лоси (Alces alces), благородные олени (Cervus elaphus) и кабаны (Sus scrofa). 

Болота

Болота занимают около 10% территории заповедника. Они находятся у подножий богатых источниками уступов и в замкнутых понижениях на вершинах уступов. Из трав здесь преимущественно встречаются схенус ржавый (Schoenus ferrugineus) и осока (Carex). Из охраняемых видов здесь встречаются, например, меч-трава (Cladium mariscus), восковница обыкновенная (Myrica gale) и дремлик болотный (Epipactis palustris). В болотах Вийдумяэ обитают серые журавли (Grus grus), а неглубокие болотные лужи облюбовали остромордые лягушки (Rana arvalis), жабы обыкновенные (Bufo bufo) и редкие медицинские пиявки (Hirudo medicinalis). 

Сааремааский погремок (Rhinanthus osiliensis). Фото: Марис Сепп 

Множество источников, расположенных у подножья уступа, привели к образованию ключевых болот.  Ключевые болота Вийдумяэ известны редкими видами, произрастающими в уникальных условиях. Самым известным из них является погремок эзельский (Rhinanthus osiliensis) – эндемик, который встречается только в Западной части острова Сааремаа. Его открыл местный ботаник-любитель, врач Бернард Саарсоо в 1933 году. 

Луга

В заповеднике Вийдумяэ, который преимущественно покрыт лесами и болотами, для лугов места практически не осталось. Несмотря на это, они в значительной мере разнообразят условия произрастания растений и обогащают флору и фауну обычными и редкими видами.  На сухих, поросших можжевельником пастбищах произрастает прострел луговой (Pulsatilla pratensis), а по краям лугов и перелогов можно найти крайне редкий для Эстонии горошек чиновидный (Vicia lathyroides).  На влажных лугах и покрытых порослью участках растет ирис сибирский (Iris sibirica) и некоторые виды орхидей. На лугах и лесолугах Вийдумяэ можно увидеть множество дневных бабочек, в том числе такие охраняемые виды как шашечница авриния (Euphydryas aurinia) и сенница геро (Coenonympha hero). 

Шашечница аталия (Melitaea athalia). Фото: Марис Сепп 

Лесолуга

На протяжении многих столетий управляемые традиционным образом лесолуга были неотъемлемой частью ландшафта острова Сааремаа. В Вийдумяэ уже много лет осуществляется управление лесолугами Лаасма и Мяэпеа, а в 2002 году было начато управление лесолугом Упси. Чтобы сохранить эти напоминающие парки лесные сенокосы, их необходимо регулярно выкашивать, вырубать появляющуюся поросль, подрезать и прореживать деревья и кусты. Площадь управляемых лесолугов Вийдумяэ немного более 8 гектар. На лесолугах произрастает множество орхидных, в том числе венерин башмачок настоящий (Cypripedium calceolus) с самыми крупными цветками из отечественных орхидей и пыльцеголовник длиннолистный (Cephalanthera longifolia). На одном квадратном метре лесолуга было обнаружено 67 видов сосудистых растений.  В лесолугах во множестве обитают находящиеся под охраной шмели (Bombus).

Лесолуг Мяэпеа. Фото: Марис Сепп