Исходя из предписания по охране заповедника Вийдумяэ, основной целью заповедной территории является охрана многообразного природного комплекса, природных сообществ и мест обитания, сформировавшихся в западной части острова Сааремаа, а также обитающих и произрастающих там охраняемых видов. 

В соответствии с режимом охраны заповедник Вийдумяэ делится на:

  • 2 природных резервата (общая площадь 140,9 гектар);
  • 16 особо охраняемых зон (общая площадь 2311,7 гектар); 
  • 3 ограничительные зоны (общая площадь 158,5 гектар).

Ограничения деятельности вытекают из Закона об охране природы и предписания по охране заповедника Вийдумяэ. Работы и деятельность планируются на основании программы по организации охраны заповедника Вийдумяэ на 2015-2024 год.