В соответствии с действующим предписанием по охране, природно-ландшафтный заповедник Кырвемаа был создан для охраны и сохранения разнообразия природных процессов, ландшафта и флоры и фауны, в том числе охраняемых видов из полуприродных сообществ. Цель охраны лесов заказника заключается в сохранении природных объектов, леса как важной части ландшафта, сохранении мест обитания и произрастания, а также природного разнообразия. 

Природно-ландшафтный заповедник состоит из четырех отдельных участков общей площадью 20 653,4 гектар. Сейчас территория заповедника разделена на 11 зон целевой охраны с более строгим режимом охраны и одну ограничительную зону с более мягким режимом охраны. Ограничения вытекают из Закона об охране природы и предписаний по охране природно-ландшафтного заповедника Кырвемаа.

План организации охраны заказника и предписание по охране обновляются, что приведет к некоторым изменениям в целях и порядке охраны.