Природу природно-ландшафтного заповедника Кыннумаа сформировал последний ледниковый период. Ледники немного выровняли ландшафт территории, сделав его ниже. Примерно 11 000‒12 000 лет назад край материкового ледника, понемногу тая, на продолжительное время задержался на этих территориях, что позволило сформироваться зандрам: озам, или эксерам, камам и конечным моренам. Образовалась территория с разнообразным ландшафтом, где находится самая высокая точка Западной Эстонии - Палукюла Хийемяги (106,7 метров) и располагающаяся поблизости вторая по высоте гора - Реэвимяги (99 метров). Между зандрами образовались болота с многочисленными окнищами. К болотам прилегают леса и небольшие сенокосные луга.

Реэвимяги.  Фото: Маарика Мяннил

Водная система

Гора Палукюла Хийемяги является водоразделом для бассейнов рек Кейла, Казари и Пярну. Поэтому здесь встречаются границы водосборного бассейна Финского залива, проливов Вяйнамери и Рийа.  На восточном краю болота Кеава берет начало река Вигала - крупнейший приток реки Казари. На север от болота Палази, между деревнями Охекатку и Палукюла начинается река Куузику, приток реки Вигала, которая в верхнем течении носит название реки Рыуэ.  Из южной части болотного озерка Лоосалу вода через ручей Кядва вытекает в реку Кяру, и с северной стороны вода вытекает в реку Кейла.

На болотах много окнищ, которые являются признаком очень старых болот. В центре болота Лоосалу находится крупнейшее в Эстонии болотное озерко Лоосалу (35,04 гектар) - остаток бывшего приледникового озера. В 200 метрах на северо-запад от озера Лоосалу находится озеро Вяйке Лоосалу (3,4 гектар), которое образовалось в результате слияния окнищ.

Oзерко Лоосалу.  Фото: Маарика Мяннил

Болота

В природно-ландшафтном заповеднике Кыннумаа находится три болота - Кеава, Палази и Лоосалу. Самое маленькое из них, расположенное в южной части заказника болото Палази (597 гектар) некогда было расположенным во впадине и затем заросшим озером. Позднее болото разрослось на окружающие минеральные земли. Толщина торфяного слоя богатого озерками болота с крутым склоном достигает 5 метров.

Болото Кеава (1581 гектар) находится в восточной части заказника и является частью более крупной болотной системы Кеава. Болото ориентировано с севера на юг, поскольку с запада и востока его окружают озы. Диаметр болота составляет 3 км, средняя толщина торфяного слоя 3 метра, а глубина превышает 8 метров. Центральная часть болота образовалась в результате заболачивания озера, а края - в результате заболачивания минеральных земель. В болоте Кеава интерес представляют так называемые болотные воронки диаметром до ста метров, под которыми находятся минеральные острова, стремительно впитывающие воду.

Болото Лоосалу находится в западной части  заказника, и его площадь составляет 863 гектара. Толщина залежей торфа округлого болота достигает 8 метров. Под торфом были обнаружены:  речная тина, суглинок и щебень, которые указывают на то, что болото образовалось путем зарастания подпрудного озера ледникового периода.  В центре болота находится озеро Лоосалу,  или Кядва, или Венепеле, площадью 34,1 гектар и глубиной до 5 метров.

Болото Лоосалу. Фото: Маарика Мяннил

Леса

На территории природно-ландшафтного заповедника Кыннумаа больше всего лесов, характерных для переходного и верхового болота. По всему заказнику разбросаны отдельные заболачивающиеся леса и болотные лиственные леса, признаками которых являются окружающие деревья пристволовые кочки и множество гниющих веток и деревьев, лежащих на земле.  Важной природной ценностью заказника являются древние естественные леса, которые разбросаны небольшими рощами по всей территории заказника. В этих лесах никогда не осуществлялось никакой деятельности, или она была очень незначительная. Здесь обитают многие находящиеся под угрозой вымирания виды, особенно мхи, лишайники, грибы и беспозвоночные. Пятнами по всей территории заказника, но больше всего на севере от болота Палази и в деревне Палукюла, можно увидеть рамни, где живой надпочвенный покров образуют высокие растения или  злаки и папоротники. На озах и моренах Палукюла растут преимущественно сосновые леса, на склонах к ним добавляются ели и лиственные деревья.

Охраняемая флора и фауна

Флора заказника характерна для здешних болотных, лесных и луговых сообществ. Из сосудистых растений под охраной находятся осока болотолюбивая, мытник скипетровидный, заразиха Бартлинга, из орхидей — мякотница однолистная, гаммарбия, башмачок настоящий, пальчатокоренник мясо-красный и кокушник длиннорогий. Из мхов охраняется гаматокаулис глянцевитый.

Растительные биоценозы природно-ландшафтного заповедника Кыннумаа предлагают место для обитания многих животных. Особенно многочисленна здесь популяция редких и находящихся на гране вымирания видов птиц, например, беркута, рябчика, лебедя-кликуна, глухаря. Упомянуть стоит обитающих в заповеднике чернозобую гагару, красношейную поганку и серого журавля. Из других охраняемых видов здесь можно увидеть северного кожанка, ночницу Брандта, малого лесного муравья и червонца непарного. Наряду с охраной упомянутых видов охраняются также другие редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды животных и растений.