Ландшафтный заказник можно условно разделить на две части: остров Кассари и залив Кяйна.

Остров Кассари

Одной из больших ценностей острова Кассари является ландшафт, напрямую связанный с деятельностью человека. В результате синергии между человеком и природой, сформировались ценные полуприродные сообщества: суходольные луга, лесолуга и береговые луга.

Береговые луга - это ровные и низкие участки берега, на которых, как правило, пасут скот, или которые используют как сенокосные луга.  Значительная часть береговых лугов регулярно затапливается морской водой. На береговых лугах можно заметить участки солончака, где растут любящие соленую почву растения, например, солерос европейский. На береговых лугах заказника превосходно растет халимион стебельчатый. На береговых лугах можно увидеть гнездующихся и мигрирующих птиц.

Для лесолугов характерна мозаичность ландшафта, где небольшие сенокосные луга сменяются перелесками. Из-за разных условий освещения и влажности на лесолугах можно увидеть флору и фауну, присущую как лугам, так и лесам. Видовое разнообразие фитобиоценозов лесолугов наиболее богатое.

Альвары формируются на известняковых участках с очень тонким слоем почвы. На них растут любящие известняковую почву и переносящие различные условия влажности растения.  Местами растительность может отсутствовать или быть представленной исключительно мхами и лишайниками. На альварах можно найти участки, более богатые видами. Там хорошо растут находящиеся под охраной орхидеи. Без выпаса скота альвары быстро зарастают, и некоторые виды исчезают. В рамках проекта "Жизнь альварам" были восстановлены альвары полуострова Сяэретирп.

Помимо полуприродных сообществ для острова Кассари характерны заросли можжевельника и камышовые заросли. Они представляют собой великолепное место для обитания птиц. Многие виды рыб приплывают в камыши на нерест или в поисках пищи.

В целом, благодаря богатым известняком почвам и мягкому морскому климату, растительность в заказнике богата видами. В заказнике произрастает единственная сохранившаяся в Эстонии популяция володушки тончайшей. Из наиболее интересных видов в заказнике произрастают также селагинелла-плаунок, ясколка низкая и довольно редко встречающаяся скабиоза голубиная. На участках, где сформировались полуприродные сообщества, можно увидеть, например, такие орхидеи как бровник одноклубневый, пальчатокоренник мясо-красный, офрис насекомоносная, ятрышник шлемоносный и другие.

Залив Кяйна

Площадь залива Кяйна превышает 800 гектар, составляя 1/5 площади заказника. В зависимости от уровня моря, в заливе Кяйна примерно 15 островов.  Средняя глубина залива Кяйна всего 0,5 метров. То есть, это, скорее, прибрежное озеро, чем морской залив. Соленость составляет в среднем 6–7 %. На заливе Кяйна и в его окрестностях зарегистрировано около 200 различных видов птиц. Это основное место гнездования и миграционной остановки водоплавающих птиц в Хийумаа. Заказник отнесен к орнитологическим природоохранным зонам международного значения. Весной и осенью здесь на отдых останавливается большое количество водоплавающих и прибрежных птиц. Весной на заливе Кяйна одновременно останавливается 1000-5000 птиц. Осенью их может быть в четыре раза больше.

Залив Кяйна является также основным местом осеннего сбора серых журавлей и серых гусей на Хиуймаа.

Из гнездующихся и останавливающихся на заливе Кяйна и в его окрестностях птиц стоит упомянуть орлана-белохвоста, турухтана, чернозобика, пискульку. Здесь можно услышать крики большой выпи, а также встретить шилоклювку, большого веретенника и обыкновенную камнешарку.

Заливы Кяйна и Ваэмла являются существенными местами нереста. Всего в заказнике зарегистрировано 12 видов рыб. В основном здесь обитают ёрш, окунь и язь.

Лечебная грязь, которую можно найти в заливе Кяйна и Веэмла, формировалась последние 2000 лет. Лечебная грязь используется в медицине и при изготовлении косметических средств.