Режим охраны природно-ландшафтного заповедника Вормси регулируют Закон об охране природы и предписания по охране природно-ландшафтного заповедника Вормси.

По режиму охраны природно-ландшафтный заповедник делится на:

  • три зоны целевой охраны - Румпо (1463 гектара), Хосби (301 гектар) и Рялби (158 гектар).
  • шесть ограничительных зон - Саксби (83 гектара), Пряствийги (99 гектар), Диби (92 гектара), Румпо (36 гектар), Хуйтберги  (11 гектар) и Кяррсляти (181 гектар)

При планировании природоохранных мероприятий и работ исходят из плана организации охраны природно-ландшафтного заповедника Вормси, места постоянного обитания орлана-белохвоста Нязи и охватывающей часть острова Вормси заповедной зоны Вяйнамере на 2017–2026 год.