Kaitsealade kujunemine Eestis sai alguse 14. augustil 1910. aastal, mil Riia Loodusuurijate Selts kuulutas eraalgatusel kohaliku tuletornivahi Artur Toomi eestvõtmisel Vaika saared (praegu Vilsandi rahvuspargi territooriumil) loodusreservaadiks. See sündmus pani alguse Eesti kaitsealade ajaloole.
Tartu Ülikooli Loodusuurijate Seltsi looduskaitsekomisjon asus tegelema kaitsealade loomisega alates 1920. a ja alustas tööd ka uue looduskaitset korraldava seaduse eelnõu koostamisel. 1929. a väljatöötatud seaduse eelnõu pandi aga eelkõige majanduslikel põhjustel mitmeks aastaks seisma.
Artur Toom linde rõngastamas. Foto: Saaremaa Muuseum SA, SM F 3761:11 F
1935. a tõusis looduskaitseseaduse küsimus uuesti päevakorda. Riigiparkide Valitsuse ja Haridusministeeriumi suure huvi tõttu võeti sama aasta 11. detsembril vastu esimene looduskaitseseadus. Kõik kaitsealad ja kaitsealused objektid kanti looduskaitseregistrisse. Toonases looduskaitseregistris, mille pidamine algas 11.11.1936 ja lõppes 22.02.1941, oli kokku 523 objekti (lisaks veel ligi 26 kaitsealust liiki), 47 kaitseala ja 476 üksikobjekti. Suur osa neist objektidest on ka praegu kaitse all, nt Tamme-Lauri tamm Võrumaal, Näärikivid Läänemaal jpt.
Peale II MS 1957. aastal asutati Eesti NSV Ministrite Nõukogu 11. juuli 1957. a määrusega nr 242 «Abinõudest looduskaitse organiseerimiseks Eesti NSV-s» (ENSV Teataja 1957, 14, 125) neli riiklikku kohapealse administratsiooniga looduskaitseala (Vaika, Viidumäe, Matsalu, Nigula) ja 28 muud kaitseala.
70-ndatel aastatel võeti omaks rahvusvaheliselt tunnustatud põhimõtted looduse kaitse ja korralduse alal ning tehti koostööd võimaluste piires ülemaailmsete looduskaitse organisatsioonidega: Maailma Looduskaitse Liit (IUCN), programm «Inimene ja Biosfäär» (MAB) jt. Samuti koostati rahvuslik Punane Raamat. Rajati esimene rahvuspark - Lahemaa rahvuspark.
Halvenenud keskkonnaseisundi tulemusena käivitus 1970. aastatel vastupanuliikumine. Looduskaitsjad, eesotsas professor Viktor Masinguga (1925–2001), tegid põhjalikku selgitustööd soode vajalikkusest, kirjutades artikleid Eesti Loodusesse. Soode sõja all tuntud looduskaitsjate vastupanuliikumise lõpplahendusena loodi 30 sookaitseala 1981.a. Alade kogupindala oli 122 189 ha.
Pärast Eesti iseseisvumist 1991. aastal hakati looduskaitsesüsteemi ümber korraldama.
1993. a asutati Soomaa ja Karula rahvuspargid ning Vilsandi looduskaitseala laiendati ja nimetati ümber rahvuspargiks. Eesti ühines Berni, CITES-i ja Ramsari konventsiooniga.
1994. a asutati veel kaks suure pindalaga kaitseala - Alam-Pedja looduskaitseala ja Naissaare looduspark. Ühineti tähtsaima looduskaitsealase raamkokkuleppega – bioloogilise mitmekesisuse konventsiooniga. Samuti võeti vastu kaitstavate loodusobjektide seadus.
2004. a sai Eesti Euroopa Liidu liikmeks ja 10. mail võeti vastu uus looduskaitseseadus, millega võeti kasutusele uus kaitstava ala termin - hoiuala. Eestis väljakujunenud looduskaitsealade võrgustikku täiendati ja harmoniseeriti Euroopa Liidu Natura 2000 võrgustikuga linnudirektiivi ja loodusdirektiivi alusel. Samal aastal nimetati Matsalu looduskaitseala ümber rahvuspargiks.
2018. aastal muudeti looduskaitseseadust ja asutati Eesti kuues - Alutaguse rahvuspark.