Создание заповедных территорий в Эстонии началось 14 августа 1910 года, когда Рижское общество исследователей природы по инициативе смотрителя маяка Артура Тоома объявило острова Вайка (сейчас на территории Национального парка Вилсанди) природным резерватом. Это событие положило начало истории заповедных территорий Эстонии.
Комиссия по охране природы Общества исследователей природы Тартуского университета начала создание заповедных территорий в 1920 году, и в это же время приступила к составлению нового закона, регулирующего охрану природы. По экономическим причинам разработанный в 1929 году законопроект был на несколько лет приостановлен.
Артур Тоом во время кольцевания птицы. Фото: Saaremaa Muuseum SA, SM F 3761:11 F
В 1935 году вопрос Закона об охране природы вновь был поднят. В результате проявленного Управлением государственными парками и Министерством образования интереса 11 декабря того же года был принят первый Закон об охране природы. Все заповедные территории и охраняемые объекты были внесены в регистр охраны природы. В регистр, который ввелся с 11.11.1936 года по 22.02.1941 год, было внесено 523 объекта (помимо этого еще около 26 находящихся под охраной видов), 47 заповедных территорий и 476 памятников природы. Значительная часть этих объектов находится под охраной и сейчас, например, дуб Тамме-Лаури в Вырумаа, камни Няэрикивид в Лахемаа и т.д.
После Второй мировой войны в 1957 году был принят новый Закон об охране природы, и постановлением правительства было основано четыре государственных заповедника (Вайка, Вийдумяэ, Матсалу, Нигула) с местной администрацией и 28 других заповедных территорий.
В результате в 1970-е годы в Эстонии был достигнут относительно высокий уровень охраны природы. Были приняты признанные на международном уровне принципы охраны природы, и по мере возможности осуществлялось сотрудничество со всемирными природоохранными организациями: Международным союзом охраны природы (IUCN), программой "Человек и биосфера" (MAB) и пр. Также была составлена национальная "Красная Книга".
После восстановления независимости Эстонии в 1991 году началась реформа системы охраны природы.
В 1993 году были основаны Национальные парки Соомаа и Карула, заповедник Вилсанди был расширен и переименован в национальный парк. Эстония присоединилась к Бернской, Рамсарской конвенции и конвенции CITES.
В 1994 году было основано еще две заповедные территории с большой площадью - заповедник Алам-Педья и природный парк Найссаар. Присоединились к Конвенции о биологическом разнообразии, целью которой является сохранение биологического разнообразия. Также был принят Закон об особо охраняемых природных объектах.
В 2004 году Эстония вступила в Европейский союз, и 10 мая был принят новый Закон об охране природы, которым ввели новый термин "охранная территория". Сформировавшаяся в Эстонии сеть заповедников была расширена и приведена в соответствие с сетью Европейского союза Natura 2000 на основании директив, принятых в отношении природных и орнитологических зон. В том же году заповедник Матсалу был переименован в национальный парк.