Заповедник Набала-Тухала находится на территории волостей Кийли, Саку и Козе Харьюского уезда и волости Кохила Раплаского уезда. Площадь природоохранной территории составляет 4628,7 га. 
Природоохранная территория включает в себя обширные карстовые местности, где протекают восемь подземных рек. Долины, ложбины, озера, карстовые воронки и родники над подземными реками образуют разнообразный карстовый ландшафт. Наиболее известным и уникальным объектом является кипящий в периоды половодья Ведьмин колодец в Тухала.  
Из-за своеобразного водного режима, большого колебания уровня воды в течение года образовались богатые видами ключевые и низинные болота, болотные и заболоченные лиственные леса, очень чувствительные к осушению. Территории, сохранившиеся в естественном состоянии, или с небольшим влиянием дренажа являются местом обитания и гнездования для многих находящихся под угрозой исчезновения и охраняемых видов. 
Карстовые местности Тухала и Набала относятся к объектам первозданной природы Эстонии. Расположенные на природоохранной территории природные зоны Рахаугу, Таммику и Тухала входят в сеть Natura 2000.